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  • Authors: Billard, Roland;

    Perspectives d'amélioration génétique des salmonidés

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  • Authors: Burel, Christine; Aguirre, Pierre; Surget, Anne; Pegourie, Gaia; +6 Authors

    Valeur nutritionnelle de farine de tenebrion (Tenebrio molitor) et de farine d'hermetia (Hermetia illucens) dégraissées pour la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). 5. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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  • Authors: Guiguen, Yann;
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  • image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
    Authors: Conflon, Deborah;

    Les virus du genre Begomovirus (famille Geminiviridae) sont fréquemment détectés en association avec des ADN satellites appelées alphasatellite et betasatellite qui font la moitié de la taille du génome viral. L’alphasatellite est autonome pour sa réplication et dépend du virus pour son mouvement et son encapsidation tandis que le betasatellite est dépendant de ces fonctions virales. L’alphasatellite a rarement été montré comme ayant un impact sur le virus assistant, contrairement au betasatellite qui augmente la virulence de son virus assistant. En dehors des bégomovirus tels que le Cotton leaf curl virus (CLCuV) qui ont besoin d’un betasatellite pour initier une infection symptomatique dans leur hôte naturel, la plupart des bégomovirus peuvent causer des symptômes, même sans les satellites avec lesquels ils sont parfois détectés. Le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), un des virus les plus dommageables dans le monde a rarement été détecté associé à des ADN satellites. Les souches méditerranéennes qui sont aussi les plus invasives, n’ont jamais été détectées avec des ADN satellites, bien qu’elles soient capables en conditions artificielles de les assister avec pour conséquence une considérable augmentation de la virulence en cas de co-inoculation avec un betasatellite. Le risque potentiel d’association de satellites avec le TYLCV-Mld a été évalué en testant divers facteurs potentiellement impliqués dans le maintien de l’association TYLCV-satellite: (i) l'accumulation relative intra-plante du TYLCV et des satellites, (ii) la fréquence de co-infection au niveau cellulaire du TYLCV et des satellites, et (iii) l'efficacité de transmission des satellites par le vecteur Bemisia tabaci. Trois satellites précédemment isolés sur coton au Burkina Faso ont été montrés comme pouvant être assistés par le TYLCV dans des plantes de tomate: Cotton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGB), Cotton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGA) et Okra leaf curl Burkina Faso alphasatellite (OLCBFA). La quantification par PCR quantitative des ADN du TYLCV et des trois satellites entre 11 et 150 jours après inoculation (dpi) révèle qu’en général, les satellites ont une accumulation supérieure à celle du virus, et que, contrairement aux alphasatellites qui n’ont aucun impact, le betasatellite affecte l’accumulation du TYLCV-Mld. Bien que le rapport des quantités de virus/satellites varie au cours du temps, les satellites sont maintenus avec le TYLCV-Mld au temps tardif de 150 dpi et sont transmis par B. tabaci à 32 et 150 dpi. Le TYLCV-IL interagit différemment avec le CLCuGB car son accumulation n’est pas affectée dans les plantes coinfectées.L’estimation par la technique FISH à 18 et 32 dpi de la fréquence d’association des molécules au niveau cellulaire montre que plus de la moitié des cellules infectées sont coinfectées par le TYLCV et un satellite. Ce résultat est cohérent avec la fréquence observée d’ADN satellite dans les plantes. Cependant, on observe de manière inattendue un nombre important de cellules ne semblant contenir que le betasatellite, ce qui pose des questions sur le fonctionnement des associations virus/satellites. Comme la multiplicité d'infection (MOI) des bégomovirus et des satellites est attendue pour être un facteur déterminant de l’efficacité de la co-infection cellulaire, deux variants équi-competitifs de TYLCV ont été préparés afin de déterminer ce paramètre. Enfin, des amorces PCR permettant la détection générique de betasatellites ont été dessinées pour être utilisées dans le diagnostic par l'Agence française pour l'alimentation, l'environnement et la santé et sécurité au travail (ANSES). Outre les conséquences agronomiques d’un maintien possible des satellites avec le TYLCV, les résultats de cette étude donnent un aperçu novateur sur les interactions entre les bégomovirus et les satellites, au niveau de la plante, au niveau cellulaire et moléculaire. Begomoviruses (family Geminiviridae) are frequently detected with half genome sized defective virus DNAs, and for some of them with satellite DNAs of similar size, i.e. alphasatellite and betasatellite. Both molecules rely on the virus for maintenance in plant. The alphasatellite was rarely proved to have an impact on the helper virus but the betasatellite was often shown to increase its virulence. Except some begomoviruses, like Cotton leaf curl virus (CLCuV) which rely on a betasatellite for a full symptomatic infection in its natural host plant, most of the begomoviruses which were frequently detected with satellites do not rely on them for infectivity. Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is one of the most damaging begomovirus worldwide. The Mediterranean IL and Mld strains, the most invasive ones, were never detected in association with satellites, although they were experimentally proved to readily assist them for replication and movement in plant. This was particularly true for betasatellites and resulted in a dramatic increase in the virulence of TYLCV.The potential of a TYLCV-satellite association was assessed by testing various factors involved in the maintenance of both molecules in tomato plants: (i) the relative intra-plant accumulation of TYLCV and satellites, (ii) the frequency of host cells co-infected with TYLCV and satellites, and (iii) the transmission efficiency of satellites by the natural whitefly vector of TYLCV, Bemisia tabaci. Three satellites previously isolated from okra in Burkina Faso, were shown here to be assisted by TYLCV in tomato plants: Cotton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGB), Cotton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGA) and Okra leaf curl Burkina Faso alphasatellite (OLCBFA). The dynamic of TYLCV and satellite DNAs monitored between 11 and 150 days post-inoculation (dpi) by quantitative PCR revealed that satellites accumulated at a higher level than the virus, and that, in contrast with alphasatellites which have no impact, betasatellites affected TYLCV-Mld accumulation. Although the ratio of virus/satellite amounts varies over time, satellites were maintained in all test plants up to 150 dpi and were readily transmitted at 32 and 150 dpi. TYLCV-IL interacts differentially with CLCuGB as its accumulation was not affected in the coinfected plants.At 32 dpi, the TYLCV/satellite infection status of plant cells was determined by FISH and more than 50% of the monitored infected cells were co-infected with TYLCV and a satellite. The infection status was consistent with the frequency of satellite DNA in plants. Unexpectedly a substantial number of cells were positive only for betasatellite, suggesting that the coinfection with the virus could be dispensable for replication. This observation raises question on the functioning of virus/satellite association or multipartite viruses. As the multiplicity of infection (MOI) of begomoviruses and satellites is expected to be a determinant of the efficiency of virus/satellite cell coinfection, two equi-competitive TYLCV variants were prepared to determine this parameter for TYLCV. Finally, PCR primers designed for the generic detection of betasatellites were designed to be used as a diagnostic tool by the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety (ANSES).Besides the agronomic concern of the possible maintenance of DNA satellites with TYLCV, the results of our study are expected to provide a new insight on the interactions between begomovirus and satellites, at the plant, cellular and molecular levels.

    image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ HAL INRAEarrow_drop_down
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    Data sources: HAL INRAE
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      Data sources: HAL INRAE
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    Authors: Lacroix, Sébastien;

    Le foisonnement filamenteux est un problème récurant dans de nombreuses stations d'épuration à boues activées. L'objectif de ces travaux est d'améliorer la compréhension des mécanismes physiologiques et moléculaires impliqués dans la filamentation des microorganismes, afin de pouvoir orienter de futures stratégies de lutte contre le phénomène de bulking. Sphaerotilus natans, qui peut croître réversiblement sous forme monocellulaire ou filamenteuse, a été utilisée comme bactérie modèle pour cette étude. Différents types de cultures, ainsi que des suivis par cytométrie en flux et marquage au cFDA/SE, ont montré que les diverses souches de S. natans adoptent des morphologies différentes et que les filaments croissent par divisions cellulaires successives et non par un chaînage des bactéries. Une analyse par RT-QPCR a mis en évidence que l'expression du gène sthA augmente fortement après induction de la filamentation et reste ensuite à un niveau élevé. Une comparaison de l'expression protéique des formes monocellulaire et filamenteuse, par LC-MS-MS, a permis d'identifier des protéines impliquées dans la filamentation, et notamment dans la synthèse de la gaine. La concentration intracellulaire en ARNr, mesurée par RT-QPCR, varie durant la croissance de S. natans et d'autres microorganismes, entraînant une diminution importante de l'intensité du marquage FISH, mesurée par cytométrie en flux. L'utilisation de la technique FISH pour quantifier des microorganismes est donc remise en question, d'autant plus dans des matrices aussi complexes que les boues activées. Ces observations mettent également en doute l'hypothèse, émise en utilisant ce mode de quantification, d'une déstructuration des filaments consécutive à un retour à des conditions de culture plus favorables. Filamentous bulking is a widespread problem in many activated sludge wastewater treatment plants. The objective of this study is to improve the understanding of physiological and molecular mechanisms of filamentation, in order to define strategies for future treatments against bulking. Sphaerotilus natans, which is able to grow reversibly as single-cell or filament, has been used as a model within this work. Different types of culture experiments, as well as cFDA/SE staining and flow cytometry analysis have showed that different strains of S. natans have various behaviours and that filaments grow by a chain of cell divisions instead of a reassembly of single cells. RT-QPCR analysis shows that sthA gene expression increases strongly after induction of filamentation and then stays at high level. LC-MS-MS analysis of protein expression from filamentous and single-cell forms of S. natans allows the identification of enzymes involved in filamentation and especially in sheath synthesis. Intracellular rRNA concentration, measured by RT-QPCR, varies strongly during S. natans and other microorganism growth, leading to an important decrease in the FISH signal intensity, measured by flow cytometry. The efficiency of bacterial quantification using FISH, especially in complex matrix such as activated sludge is therefore questioned. The hypothesis of filament lysis when growth conditions return to normal, deduced from FISH quantification, is also weakened.

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    Data sources: HAL INRAE
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      HAL INRAE
      Other ORP type
      Data sources: HAL INRAE
  • Authors: Wischhusen, Pauline; Parailloux, Maroussia; Geraert, Pierre-André; Briens, Mickael; +8 Authors

    Influence du selenium de l'aliment des géniteurs de truite arc-en-ciel sur le statut anti-oxydant de la descendance. 6. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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  • Authors: Lobry, Jérémy;

    Afin de mieux appréhender la complexité des écosystèmes estuariens, cette thèse pose la question de la construction d`un référentiel de fonctionnement de ces écosystèmes sous contraintes diverses. Nous avons choisi les cortèges de poissons fréquentant l`estuaire de la Gironde comme cas d`étude. Ce travail met en exergue, d`après des données d`échantillonnages traitées par analyses multivariées, un fonctionnement des assemblages basé sur une dynamique saisonnière claire, une structuration aval-amont forte et une opposition nette entre espèces de surface caractéristiques des mois chauds et espèces de fond représentatives des mois froids. Il existe un couplage benthos/pelagos probablement déterminé, en partie, par la disponibilité des ressources trophiques. La structure trophique globale de l`écosystème estuarien est alors caractérisée via le modèle ECOPATH. A l`état stable et à l`échelle annuelle, la capacité trophique du système ne semble pas limitée mais elle pourrait l`être à certaines périodes de l`année. La majorité des flux sont issus du compartiment détritique. Ainsi, malgré une production primaire faible, l`écosystème reste très productif et supporte d`importants stocks de poissons. Comme la plupart des écosystèmes de même type, la Gironde renvoie une image de stabilité dynamique, d`optimisation des ressources et de haute adaptation aux contraintes du milieu. In order to improve our understanding of the complexity of estuarine ecosystems, this thesis focus on the construction of a reference frame of functioning for these ecosystems submitted to various pressures. We decided to consider the Gironde estuarine fish assemblages as a case study. This work, partly based on multivariate analysis of sampling data, puts forward a functioning of the assemblages based on a clear seasonal dynamics, a strong downstream-upstream structuring and a clear opposition between surface species, characteristic of the warmest months, and bottom species, representative of the coldest months. It appears a benthos/pelagos coupling that is probably partly determined by the trophic resources availability. An ECOPATH model was used to characterize the global trophic structure of the estuarine ecosystem. On the steady state and annual basis, the trophic capacity of the system does not seem limited but a bottleneck could exist at some periods of the year. The major part of the flows comes from the detritus compartment. In spite of a low primary production, the ecosystem stays globally very productive and it supports large fish stocks. As most of similar ecosystems do, the Gironde is characterized by a dynamic stability, an optimization of available resources and a high adaptation to the environmental constraints.

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  • Authors: Lallias, Delphine; Quillet, Edwige; Dupont-Nivet, Mathilde; Leguen, Isabelle; +3 Authors

    Notre objectif est d’étudier le rôle potentiel des marques épigénétiques dans l’expression des phénotypes et de leur variabilité chez les poissons, et en particulier la variabilité génétique des marques épigénétiques en réponse à un stress environnemental. Nous nous appuierons sur un modèle biologique original, les lignées isogéniques de truite arc-en-ciel. Dans cette étude, nous avons choisi la température car de nombreuses études ont montré qu’il existe un déterminisme génétique de la thermotolérance (recherche de QTL par exemple). De plus, nous avons récemment caractérisé des lignées isogéniques de truite pour leur réponse à la température et montré une grande variabilité inter lignée de la réponse à différents régimes thermiques. L’objectif est maintenant de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation impliqués, i.e. pourquoi certaines lignées sont plus tolérantes que d’autres à un choc thermique. Dans ce cadre, l’implication de mécanismes épigénétiques dans la variabilité de la réponse à la température, est une hypothèse que nous souhaitons tester. Cette hypothèse s’appuie sur plusieurs études montrant que la température est aussi un facteur d’induction de marques épigénétiques chez les poissons, et que ces marques peuvent influencer le phénotype (le sexe gonadique dans les études disponibles). Dans ce projet, nous étudierons quatre questions principales : i) Le régime thermique subi pendant les phases précoces du développement entraîne-t-il des modifications épigénétiques ? (ii) Le régime précoce subi impacte t-il la réponse à un stress ultérieur ? ; (iii) Y a-t-il un lien entre marques épigénétiques et phénotypes (en moyenne et variabilité) ? iv) Existe-t-il une variabilité génétique pour les marques épigénétiques? Le matériel biologique sera constitué de 6 à 8 lignées isogéniques hétérozygotes (3-4 « sensibles » et 3-4 « tolérantes » à un challenge thermique). Dans chaque lignée, la moitié des œufs sera incubée à température standard, l’autre moitié subira une manipulation thermique précoce (i.e. température d’incubation chaude). Un choc thermique aigu sera appliqué ultérieurement sur les alevins pour révéler l’effet de l’exposition précoce à des températures élevées sur la réponse au stress tardif. D’autre part, la croissance individuelle et divers paramètres physiologiques seront suivis. L’objectif sera de comparer les marques épigénétiques intra-lignée entre les deux conditions (température d’incubation standard versus chaude) et inter-lignées (entre lignées sensibles et entre lignées tolérantes ; mais également entre lignées sensibles versus tolérantes). Les méthodologies envisagées pour l’étude de la méthylation de l’ADN sont : LUMA, MSAP, EpiRADseq et éventuellement RRBS.

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    Data sources: HAL INRAE
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    Data sources: HAL INRAE
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  • Authors: Jalabert, Bernard; Fostier, Alexis;

    absent

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  • Authors: Ahongo, Yéléhi Diane; Kerneis, Thierry; Goardon, Lionel; Labbé, Laurent; +3 Authors

    Restauration de la qualité de la chair chez la truite arc-en-ciel femelle (Oncorhynchus mykiss) après laproduction d’œufs. 6. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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  • Authors: Billard, Roland;

    Perspectives d'amélioration génétique des salmonidés

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  • Authors: Burel, Christine; Aguirre, Pierre; Surget, Anne; Pegourie, Gaia; +6 Authors

    Valeur nutritionnelle de farine de tenebrion (Tenebrio molitor) et de farine d'hermetia (Hermetia illucens) dégraissées pour la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). 5. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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  • Authors: Guiguen, Yann;
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  • image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
    Authors: Conflon, Deborah;

    Les virus du genre Begomovirus (famille Geminiviridae) sont fréquemment détectés en association avec des ADN satellites appelées alphasatellite et betasatellite qui font la moitié de la taille du génome viral. L’alphasatellite est autonome pour sa réplication et dépend du virus pour son mouvement et son encapsidation tandis que le betasatellite est dépendant de ces fonctions virales. L’alphasatellite a rarement été montré comme ayant un impact sur le virus assistant, contrairement au betasatellite qui augmente la virulence de son virus assistant. En dehors des bégomovirus tels que le Cotton leaf curl virus (CLCuV) qui ont besoin d’un betasatellite pour initier une infection symptomatique dans leur hôte naturel, la plupart des bégomovirus peuvent causer des symptômes, même sans les satellites avec lesquels ils sont parfois détectés. Le Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV), un des virus les plus dommageables dans le monde a rarement été détecté associé à des ADN satellites. Les souches méditerranéennes qui sont aussi les plus invasives, n’ont jamais été détectées avec des ADN satellites, bien qu’elles soient capables en conditions artificielles de les assister avec pour conséquence une considérable augmentation de la virulence en cas de co-inoculation avec un betasatellite. Le risque potentiel d’association de satellites avec le TYLCV-Mld a été évalué en testant divers facteurs potentiellement impliqués dans le maintien de l’association TYLCV-satellite: (i) l'accumulation relative intra-plante du TYLCV et des satellites, (ii) la fréquence de co-infection au niveau cellulaire du TYLCV et des satellites, et (iii) l'efficacité de transmission des satellites par le vecteur Bemisia tabaci. Trois satellites précédemment isolés sur coton au Burkina Faso ont été montrés comme pouvant être assistés par le TYLCV dans des plantes de tomate: Cotton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGB), Cotton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGA) et Okra leaf curl Burkina Faso alphasatellite (OLCBFA). La quantification par PCR quantitative des ADN du TYLCV et des trois satellites entre 11 et 150 jours après inoculation (dpi) révèle qu’en général, les satellites ont une accumulation supérieure à celle du virus, et que, contrairement aux alphasatellites qui n’ont aucun impact, le betasatellite affecte l’accumulation du TYLCV-Mld. Bien que le rapport des quantités de virus/satellites varie au cours du temps, les satellites sont maintenus avec le TYLCV-Mld au temps tardif de 150 dpi et sont transmis par B. tabaci à 32 et 150 dpi. Le TYLCV-IL interagit différemment avec le CLCuGB car son accumulation n’est pas affectée dans les plantes coinfectées.L’estimation par la technique FISH à 18 et 32 dpi de la fréquence d’association des molécules au niveau cellulaire montre que plus de la moitié des cellules infectées sont coinfectées par le TYLCV et un satellite. Ce résultat est cohérent avec la fréquence observée d’ADN satellite dans les plantes. Cependant, on observe de manière inattendue un nombre important de cellules ne semblant contenir que le betasatellite, ce qui pose des questions sur le fonctionnement des associations virus/satellites. Comme la multiplicité d'infection (MOI) des bégomovirus et des satellites est attendue pour être un facteur déterminant de l’efficacité de la co-infection cellulaire, deux variants équi-competitifs de TYLCV ont été préparés afin de déterminer ce paramètre. Enfin, des amorces PCR permettant la détection générique de betasatellites ont été dessinées pour être utilisées dans le diagnostic par l'Agence française pour l'alimentation, l'environnement et la santé et sécurité au travail (ANSES). Outre les conséquences agronomiques d’un maintien possible des satellites avec le TYLCV, les résultats de cette étude donnent un aperçu novateur sur les interactions entre les bégomovirus et les satellites, au niveau de la plante, au niveau cellulaire et moléculaire. Begomoviruses (family Geminiviridae) are frequently detected with half genome sized defective virus DNAs, and for some of them with satellite DNAs of similar size, i.e. alphasatellite and betasatellite. Both molecules rely on the virus for maintenance in plant. The alphasatellite was rarely proved to have an impact on the helper virus but the betasatellite was often shown to increase its virulence. Except some begomoviruses, like Cotton leaf curl virus (CLCuV) which rely on a betasatellite for a full symptomatic infection in its natural host plant, most of the begomoviruses which were frequently detected with satellites do not rely on them for infectivity. Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is one of the most damaging begomovirus worldwide. The Mediterranean IL and Mld strains, the most invasive ones, were never detected in association with satellites, although they were experimentally proved to readily assist them for replication and movement in plant. This was particularly true for betasatellites and resulted in a dramatic increase in the virulence of TYLCV.The potential of a TYLCV-satellite association was assessed by testing various factors involved in the maintenance of both molecules in tomato plants: (i) the relative intra-plant accumulation of TYLCV and satellites, (ii) the frequency of host cells co-infected with TYLCV and satellites, and (iii) the transmission efficiency of satellites by the natural whitefly vector of TYLCV, Bemisia tabaci. Three satellites previously isolated from okra in Burkina Faso, were shown here to be assisted by TYLCV in tomato plants: Cotton leaf curl Gezira betasatellite (CLCuGB), Cotton leaf curl Gezira alphasatellite (CLCuGA) and Okra leaf curl Burkina Faso alphasatellite (OLCBFA). The dynamic of TYLCV and satellite DNAs monitored between 11 and 150 days post-inoculation (dpi) by quantitative PCR revealed that satellites accumulated at a higher level than the virus, and that, in contrast with alphasatellites which have no impact, betasatellites affected TYLCV-Mld accumulation. Although the ratio of virus/satellite amounts varies over time, satellites were maintained in all test plants up to 150 dpi and were readily transmitted at 32 and 150 dpi. TYLCV-IL interacts differentially with CLCuGB as its accumulation was not affected in the coinfected plants.At 32 dpi, the TYLCV/satellite infection status of plant cells was determined by FISH and more than 50% of the monitored infected cells were co-infected with TYLCV and a satellite. The infection status was consistent with the frequency of satellite DNA in plants. Unexpectedly a substantial number of cells were positive only for betasatellite, suggesting that the coinfection with the virus could be dispensable for replication. This observation raises question on the functioning of virus/satellite association or multipartite viruses. As the multiplicity of infection (MOI) of begomoviruses and satellites is expected to be a determinant of the efficiency of virus/satellite cell coinfection, two equi-competitive TYLCV variants were prepared to determine this parameter for TYLCV. Finally, PCR primers designed for the generic detection of betasatellites were designed to be used as a diagnostic tool by the French Agency for Food, Environmental and Occupational Health & Safety (ANSES).Besides the agronomic concern of the possible maintenance of DNA satellites with TYLCV, the results of our study are expected to provide a new insight on the interactions between begomovirus and satellites, at the plant, cellular and molecular levels.

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    Authors: Lacroix, Sébastien;

    Le foisonnement filamenteux est un problème récurant dans de nombreuses stations d'épuration à boues activées. L'objectif de ces travaux est d'améliorer la compréhension des mécanismes physiologiques et moléculaires impliqués dans la filamentation des microorganismes, afin de pouvoir orienter de futures stratégies de lutte contre le phénomène de bulking. Sphaerotilus natans, qui peut croître réversiblement sous forme monocellulaire ou filamenteuse, a été utilisée comme bactérie modèle pour cette étude. Différents types de cultures, ainsi que des suivis par cytométrie en flux et marquage au cFDA/SE, ont montré que les diverses souches de S. natans adoptent des morphologies différentes et que les filaments croissent par divisions cellulaires successives et non par un chaînage des bactéries. Une analyse par RT-QPCR a mis en évidence que l'expression du gène sthA augmente fortement après induction de la filamentation et reste ensuite à un niveau élevé. Une comparaison de l'expression protéique des formes monocellulaire et filamenteuse, par LC-MS-MS, a permis d'identifier des protéines impliquées dans la filamentation, et notamment dans la synthèse de la gaine. La concentration intracellulaire en ARNr, mesurée par RT-QPCR, varie durant la croissance de S. natans et d'autres microorganismes, entraînant une diminution importante de l'intensité du marquage FISH, mesurée par cytométrie en flux. L'utilisation de la technique FISH pour quantifier des microorganismes est donc remise en question, d'autant plus dans des matrices aussi complexes que les boues activées. Ces observations mettent également en doute l'hypothèse, émise en utilisant ce mode de quantification, d'une déstructuration des filaments consécutive à un retour à des conditions de culture plus favorables. Filamentous bulking is a widespread problem in many activated sludge wastewater treatment plants. The objective of this study is to improve the understanding of physiological and molecular mechanisms of filamentation, in order to define strategies for future treatments against bulking. Sphaerotilus natans, which is able to grow reversibly as single-cell or filament, has been used as a model within this work. Different types of culture experiments, as well as cFDA/SE staining and flow cytometry analysis have showed that different strains of S. natans have various behaviours and that filaments grow by a chain of cell divisions instead of a reassembly of single cells. RT-QPCR analysis shows that sthA gene expression increases strongly after induction of filamentation and then stays at high level. LC-MS-MS analysis of protein expression from filamentous and single-cell forms of S. natans allows the identification of enzymes involved in filamentation and especially in sheath synthesis. Intracellular rRNA concentration, measured by RT-QPCR, varies strongly during S. natans and other microorganism growth, leading to an important decrease in the FISH signal intensity, measured by flow cytometry. The efficiency of bacterial quantification using FISH, especially in complex matrix such as activated sludge is therefore questioned. The hypothesis of filament lysis when growth conditions return to normal, deduced from FISH quantification, is also weakened.

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    Other ORP type
    Data sources: HAL INRAE
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      HAL INRAE
      Other ORP type
      Data sources: HAL INRAE
  • Authors: Wischhusen, Pauline; Parailloux, Maroussia; Geraert, Pierre-André; Briens, Mickael; +8 Authors

    Influence du selenium de l'aliment des géniteurs de truite arc-en-ciel sur le statut anti-oxydant de la descendance. 6. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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  • Authors: Lobry, Jérémy;

    Afin de mieux appréhender la complexité des écosystèmes estuariens, cette thèse pose la question de la construction d`un référentiel de fonctionnement de ces écosystèmes sous contraintes diverses. Nous avons choisi les cortèges de poissons fréquentant l`estuaire de la Gironde comme cas d`étude. Ce travail met en exergue, d`après des données d`échantillonnages traitées par analyses multivariées, un fonctionnement des assemblages basé sur une dynamique saisonnière claire, une structuration aval-amont forte et une opposition nette entre espèces de surface caractéristiques des mois chauds et espèces de fond représentatives des mois froids. Il existe un couplage benthos/pelagos probablement déterminé, en partie, par la disponibilité des ressources trophiques. La structure trophique globale de l`écosystème estuarien est alors caractérisée via le modèle ECOPATH. A l`état stable et à l`échelle annuelle, la capacité trophique du système ne semble pas limitée mais elle pourrait l`être à certaines périodes de l`année. La majorité des flux sont issus du compartiment détritique. Ainsi, malgré une production primaire faible, l`écosystème reste très productif et supporte d`importants stocks de poissons. Comme la plupart des écosystèmes de même type, la Gironde renvoie une image de stabilité dynamique, d`optimisation des ressources et de haute adaptation aux contraintes du milieu. In order to improve our understanding of the complexity of estuarine ecosystems, this thesis focus on the construction of a reference frame of functioning for these ecosystems submitted to various pressures. We decided to consider the Gironde estuarine fish assemblages as a case study. This work, partly based on multivariate analysis of sampling data, puts forward a functioning of the assemblages based on a clear seasonal dynamics, a strong downstream-upstream structuring and a clear opposition between surface species, characteristic of the warmest months, and bottom species, representative of the coldest months. It appears a benthos/pelagos coupling that is probably partly determined by the trophic resources availability. An ECOPATH model was used to characterize the global trophic structure of the estuarine ecosystem. On the steady state and annual basis, the trophic capacity of the system does not seem limited but a bottleneck could exist at some periods of the year. The major part of the flows comes from the detritus compartment. In spite of a low primary production, the ecosystem stays globally very productive and it supports large fish stocks. As most of similar ecosystems do, the Gironde is characterized by a dynamic stability, an optimization of available resources and a high adaptation to the environmental constraints.

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  • Authors: Lallias, Delphine; Quillet, Edwige; Dupont-Nivet, Mathilde; Leguen, Isabelle; +3 Authors

    Notre objectif est d’étudier le rôle potentiel des marques épigénétiques dans l’expression des phénotypes et de leur variabilité chez les poissons, et en particulier la variabilité génétique des marques épigénétiques en réponse à un stress environnemental. Nous nous appuierons sur un modèle biologique original, les lignées isogéniques de truite arc-en-ciel. Dans cette étude, nous avons choisi la température car de nombreuses études ont montré qu’il existe un déterminisme génétique de la thermotolérance (recherche de QTL par exemple). De plus, nous avons récemment caractérisé des lignées isogéniques de truite pour leur réponse à la température et montré une grande variabilité inter lignée de la réponse à différents régimes thermiques. L’objectif est maintenant de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation impliqués, i.e. pourquoi certaines lignées sont plus tolérantes que d’autres à un choc thermique. Dans ce cadre, l’implication de mécanismes épigénétiques dans la variabilité de la réponse à la température, est une hypothèse que nous souhaitons tester. Cette hypothèse s’appuie sur plusieurs études montrant que la température est aussi un facteur d’induction de marques épigénétiques chez les poissons, et que ces marques peuvent influencer le phénotype (le sexe gonadique dans les études disponibles). Dans ce projet, nous étudierons quatre questions principales : i) Le régime thermique subi pendant les phases précoces du développement entraîne-t-il des modifications épigénétiques ? (ii) Le régime précoce subi impacte t-il la réponse à un stress ultérieur ? ; (iii) Y a-t-il un lien entre marques épigénétiques et phénotypes (en moyenne et variabilité) ? iv) Existe-t-il une variabilité génétique pour les marques épigénétiques? Le matériel biologique sera constitué de 6 à 8 lignées isogéniques hétérozygotes (3-4 « sensibles » et 3-4 « tolérantes » à un challenge thermique). Dans chaque lignée, la moitié des œufs sera incubée à température standard, l’autre moitié subira une manipulation thermique précoce (i.e. température d’incubation chaude). Un choc thermique aigu sera appliqué ultérieurement sur les alevins pour révéler l’effet de l’exposition précoce à des températures élevées sur la réponse au stress tardif. D’autre part, la croissance individuelle et divers paramètres physiologiques seront suivis. L’objectif sera de comparer les marques épigénétiques intra-lignée entre les deux conditions (température d’incubation standard versus chaude) et inter-lignées (entre lignées sensibles et entre lignées tolérantes ; mais également entre lignées sensibles versus tolérantes). Les méthodologies envisagées pour l’étude de la méthylation de l’ADN sont : LUMA, MSAP, EpiRADseq et éventuellement RRBS.

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    Data sources: HAL INRAE
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  • Authors: Jalabert, Bernard; Fostier, Alexis;

    absent

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  • Authors: Ahongo, Yéléhi Diane; Kerneis, Thierry; Goardon, Lionel; Labbé, Laurent; +3 Authors

    Restauration de la qualité de la chair chez la truite arc-en-ciel femelle (Oncorhynchus mykiss) après laproduction d’œufs. 6. Journées de la Recherche Filière Piscicole

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