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77 Research products, page 1 of 8

  • European Marine Science
  • Other research products
  • 2013-2022
  • Open Access
  • CemOA
  • Mémoires en Sciences de l'Information et de la Communication
  • Hal-Diderot

10
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  • Open Access French
    Authors: 
    Lepage, M.; Dublon, J.;

    / Le contrôle de surveillance doit permettre de récolter les données nécessaires pour évaluer l'état écologique de chaque masse d'eau sélectionnée, via l'utilisation de métriques basées sur le peuplement de poisson, en lui attribuant une note de qualité. La réalisation récurrente de ce contrôle standardisé doit également permettre d'interpréter les modifications et évolutions de ces peuplements résultant d'incidences naturelles et/ou anthropiques. Les résultats du contrôle de surveillance serviront ensuite au rapportage européen en 2015. Ce rapport présente, les résultats des campagnes de contrôle de surveillance 2011, une description de la méthodologie et des premiers résultats des campagnes sur 9 masses d'eau échantillonnées en Adour-Garonne. Une synthèse des trois années d'échantillonnage est également proposée et des pistes sont fournies quant aux potentiels problèmes à résoudre.

  • Open Access French
    Authors: 
    Le Pichon, C.; Tales, E.;

    Diagnosing impacts of streams fragmentation on fish is crucial in order to efficiently restore ecological continuity and to make blue infrastructure functional again. Using biotelemetry tools is a method to determine if fish could pass obstacles (e.g. dams, weirs) occurring across streams and finally assess restoration efficacy. A case study is presented concerning survey of brown trout populations inhabiting fragmented small headwater streams in Ile de France region. / Pour que la trame bleue soit fonctionnelle, il est important de diagnostiquer l'effet de la fragmentation des cours d'eau sur les poissons pour restaurer de manière efficace la continuité écologique. Une méthode consiste à utiliser les outils de biotélémétrie pour identifier la capacité des poissons à franchir les ouvrages existants et leurs aménagements et évaluer ainsi l'efficacité de la restauration. Un cas d'étude est présenté concernant le suivi de populations de truite dans des petits cours d'eau de têtes de bassins en Ile-de-France.

  • Open Access English
    Authors: 
    Le Coarer, Y.; Testi, B.; Beguin, J.;

    Hydropeaking flow fluctuations can affect aquatic fauna in various ways, depending on the river's morphological characteristics. We have developed a method for quantifying hydropeaking events by drawing up hydrosignatures. In a given flow, a hydrosignature quantifies the hydraulic diversity in any area/part of the aquatic space defined by either volume or area percentages on a depth and current velocity cross grid. When a two-dimensional hydraulic model for hydropeaking events is available, in a given reach, a comparative hydrosignature index can be calculated between the hydrosignature of the present time step and the initial hydrosignature, or between two hydrosignatures separated by a constant time interval. This method is useful to determine where major changes have occurred along a river, and to classify hydropeaking intensities. This approach can be used to analyse the level of hydraulic transformation of an entire reach but does not focus on the sides of the channel inhabited by the juvenile fish, which are particularly exposed to the effects of flow fluctuations. Juvenile habitats can be defined by suitability indexes which are attributed to hydraulic classes of hydrosignatures. The total weighted usable area of a juvenile habitat can be calculated at all the time steps in a hydraulic simulation by partitioning any hydraulic mesh into hydraulic classes. An index quantifying the damage to juvenile populations can then be defined by calculating the maximum change in habitat area observed during the hydropeaking event. / Selon la morphologie d'un cours d'eau, une même variation de débit suite à une éclusée peut avoir des conséquences diverses sur les communautés aquatiques en place. C'est pourquoi, nous proposons une méthode pour quantifier l'effet des éclusées à l'aide d'hydrosignatures. À un débit donné, pour une partie de l'espace aquatique, une hydrosignature quantifie la diversité hydraulique comme la répartition en pourcentages d'aires ou de volumes de verticales hydrauliques reparties dans des classes croisées de vitesses moyennes et de hauteurs d'eau. Lorsque l'on dispose d'une modélisation hydraulique bidimensionnelle d'un tronçon de rivière en éclusées, celui-ci peut être analysé en sous-tronçons de longueurs fixes, en utilisant un système de repérage en coordonnées curvilignes. Pour tout sous-tronçon, un indice de comparaison d'hydrosignatures, peut être calculé entre un pas de temps donné et l'instant initial ou entre deux instants séparés par une durée fixée. Cette méthode permet de localiser les parties d'un cours d'eau où les variations hydrauliques sont les plus importantes, mais aussi de classifier des intensités de variations hydrauliques entre cours d'eau soumis à des éclusées. Cependant, si cette approche permet de qualifier l'entièreté d'un chenal, elle ne permet pas d'analyser spécifiquement les variations hydrauliques en bordures, là où les jeunes stades de poissons sont particulièrement mis en danger par les variations hydrauliques locales. Cet habitat spécifique peut être défini par des coefficients de préférences pour des classes hydrauliques. Ces coefficients peuvent être calculés d'une façon similaire à la construction des courbes de préférences classiques à partir d'hydrosignatures d'échantillonnages par pêches électriques. Pour un tronçon de cours d'eau, l'aire pondérée utile de cet habitat peut être calculée pour chaque pas de temps d'une simulation hydraulique d'éclusée. Ces calculs sont effectués en partitionnant les mailles hydrauliques en sous-mailles n'appartenant qu'à une classe hydraulique. Un indice qualifiant le risque pour les jeunes stades de poissons peut être défini comme le maximum de variation de surface pondérée lors de l'éclusée.

  • Open Access French
    Authors: 
    Noury, P.;

    / Ce protocole décrit la mesure de l'activité enzymatique EROD (Ethoxy-Résorufine-O-Déethylase) sur fraction post-mitochondriale (S9) d'homogénat de foie de poisson par une méthode fluorimétrique sur microplaque 96 puits. Cette mesure peut être réalisée à partir d'homogénats de foies de poissons pêchés sur le terrain ou exposés en laboratoire à des effluents ou des substances. Elle permet le diagnostic de l'exposition des poissons à des inducteurs du système CYP1A. La méthode utilisée est adaptée de la norme AFNOR NFT 90-385 (sept. 2001).

  • Open Access French
    Authors: 
    Lechêne, A.;

    / Située dans la zone faiblement salée de l'estuaire de la Gironde, l'île Nouvelle s'est partiellement dépoldérisée lors de la tempête Xynthia en février 2010. Autrefois endiguée, la moitié nord de l'île est désormais régulièrement submergée au gré des marées sur une surface totale d'environ 170 hectares. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle est une opportunité unique pour suivre l'évolution d'un milieu pleinement reconnecté à l'estuaire et ayant le potentiel de recouvrer le fonctionnement écologique d'une zone intertidale naturelle - vasière ou marais. Les objectifs du présent volet de recherche sont (1) de caractériser les peuplements de poissons et de macrocrustacés présents dans la partie sud (endiguée) et la partie nord (nouvellement dépoldérisée) de l'île Nouvelle, (2) de caractériser les fonctions écologiques remplies par les deux types d'habitats pour les organismes qui les fréquentent et (3) de synthétiser, au moyen d'indicateurs simples, les informations utiles pour la gestion de la biodiversité aquatique du site. Pour répondre à ces objectifs, 10 campagnes d'échantillonnage des poissons et des crustacés ont été menées sur l'île Nouvelle et des habitats de référence proches (vasières) entre mai 2011 et décembre 2012. Malgré une gestion hydraulique favorisant les échanges avec l'estuaire de la Gironde, le secteur endigué de l'île Nouvelle présente de fortes abondances d'espèces de poissons d'eau douce introduites: pseudorasbora, gambusie, poisson-chat, perche soleil et carpe commune. Celles-ci accomplissent l'intégralité de leur cycle biologique sur le site. L'anguille occupe néanmoins un place importante dans le peuplement et semble trouver des conditions favorables à sa croissance. Par ailleurs, l'abondance de crevettes des marais témoigne de la forte productivité du milieu. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle en février 2010 initie un important remaniement des peuplements de poissons et de macrocrustacés. À la différence de la zone endiguée, les 3 espèces de poissons les plus représentatives de la zone dépoldérisée sont des espèces migratrices (mulet porc, anguille) et estuarienne (gobie tacheté). Pour ces poissons, la zone dépoldérisée joue un rôle d'alimentation voire de résidence. Le milieu est particulièrement attractif pour le mulet porc. La régression des espèces d'eau douce sur le site semble moins résulter de mortalités directes que de nouvelles conditions abiotiques éloignées de leurs préférences écologiques et incompatibles avec leur reproduction. Les poissons marins (bar, anchois) restent quant à eux peu nombreux. En raison de son risque d'extinction à l'échelle mondiale et de son niveau abondance sur l'ensemble de l'île, l'anguille est l'espèce qui présente le plus fort enjeu en matière de conservation. Les conditions nouvelles liées à la dépoldérisation ne lui sont pas défavorables et son abondance est comparable entre les zones endiguée et dépoldérisée. L'ensemble des résultats, obtenus moins de 5 ans après l'ouverture accidentelle d'une brèche dans la partie nord de l'île Nouvelle, montrent que la dépoldérisation est une option de gestion pertinente pour limiter l'abondance des espèces introduites et favoriser certains services écosystémiques comme la pêche estuarienne et côtière. Si l'on compare la dépoldérisation (nord de l'île) à un mode de gestion favorisant les échanges hydrauliques avec l'estuaire et préservant les digues (sud de l'île), le bilan en matière de conservation de la biodiversité n'est que faiblement positif voire neutre. La précocité de ces constats doit néanmoins conduire à les utiliser avec prudence: cinq ans après la dépoldérisation, il paraît en effet évident, d'une part, que les processus hydromorphologiques sont encore très actifs et, d'autre part, que les fonctions écologiques remplies par l'habitat dépoldérisé, ainsi que les espèces concernées par ces fonctions, vont évoluer dans le temps.

  • Open Access French
    Authors: 
    Benarezki, I.;

    Activated sludge is one of the most commonly used water treatment processes. However, given the complexity of its structure, it is hard to analyze in CMF. For this, it is necessary to applicate a pretreatment for the destruction of the flocks for the release of bacteria. The Flow cytometry is used to analyze cells suspended in a liquid for counting. Fluorescent markers, such as Syto9 or propidium iodide, let you know the physiological state of the cells. We optimized the sludge pretreatment, combining the homogeniza tion (150mL mud for 4 minutes with IKA T25) and treatment with ultrasound (with a specific energy of 40kJ / L). For the targeting of specific populations in activated sludge by FISH, the setting of liquid medium hybridization conditions was performed using general probes eubacteria. In a first step, a dry FISH on slide was made to ensure that the probes used (EUB, EUB-MB BH and EUB-MB BH) hybridize with the bacterial population. Liquid Fish was done by adapting the dry FISH protocol and we optimized the method (washing step).The results in CMF with the liquid FISH have concluded that the classic EUB probe approaches the Syto9 in terms of detection of fluorescent signal. Finally, hybridization was made with dry FISH method to target a bacterial population "PAO". A cocktail of three probes targeting the group PAO bacteria was coupled with a general probe to verify the conditions of hybridization ((EUBCy5/PAO mix FITC). Microscopic observations showed the presence of PAO as green mass. / La boue activée est un des procédés d'épuration les plus utilisés. Cependant, vu la complexité de sa structure, il est difficile de l'étudier en CMF. Pour cela, un prétraitement permettant la destruction des flocs pour la libération de bactéries est nécessaire. La Cytométrie en flux est utilisée pour analyser des cellules en suspension dans un liquide, en les dénombrant. En utilisant des marqueurs fluorescents, comme le Syto9 ou l'iodure de propidium, elle permet de connaître l'état physiologique des cellules. Nous avons optimisé le prétraitement de la boue, en associant l'homogénéisation (150mL de boue pendant 4 minutes avec l'IKA T25) et le traitement aux ultra-sons (avec une énergie spécifique de 40kJ/L). Dans le but de cibler des populations spécifiques dans les boues activées par FISH, le paramétrage des conditions d'hybridation en milieu liquide a été réalisé à l'aide de sondes généralistes Eubacterie. Dans un premier temps, un FISH sur lame a été réalisé afin de s'assurer que les sondes utilisées (EUB, EUB-MB BH et EUB-MB BH) s'hybrident avec la population bactérienne. Un Fish liquide a été réalisé en adaptant le protocole du FISH sur lame et optimisant la technique en éliminant les étapes de fixation et en supprimant l'étape de lavage après hybridation. Les résultats CMF du FISH liquide ont permis de conclure que l'utilisation de la sonde EUB classique se rapproche du Syto9 en terme de détection de signal fluorescent. Enfin, Un test d'hybridation FISH sur lame a été réalisé afin de cibler une population bactérienne « PAO ». Un cocktail de 3 sondes ciblant l'ensemble du groupe des bactéries PAO a été couplée à une sonde généraliste afin de vérifier les bonnes conditions d'hybridation ((EUBCy5/PAO mix FITC). Les observations microscopiques ont montré la présence de PAO sous forme d'amas vert.

  • Open Access French
    Authors: 
    Logez, M.; Argillier, C.;

    A multimetric fish index was developed by a modelling approach, to assess the ecological status of the French natural lakes in application of the Water Framework Directive. This report describes all the information required to allow the calculation of this index and its use to define the ecological status of the lakes. / Un indice multimétrique poisson dédié à l'évaluation de l'état écologique des lacs naturels français notamment dans le cadre de l'application de la Directive Cadre européenne sur l'Eau, a été développé par modélisation au sein du pôle Onema/Irstea Hydroécologie plans d'eau. Ce rapport décrit tous les éléments nécessaires et la procédure permettant le calcul de cet indice et son utilisation pour définir l'état écologique des lacs

  • Open Access
    Authors: 
    Prats, J.; Morales-Baquero, R.; Dolz, J.; Armengol, J.;

    This article describes some of the contributions of limnology to reservoir management according to a literature review and the authors' experience. After explaining the main challenges that reservoir managers have to face, some examples of management measures are given and the need to take into account the different management scales are underlined, whether temporal (multiannual, annual, daily) or spatial (catchment, river reach, reservoir or reservoir chain). The available methods for the study of reservoir ecological status are also reviewed.

  • Open Access English
    Authors: 
    Labadie, P.; Blasi, C.; Le Menach, K.; Geneste, E.; Babut, M.; Perceval, O.; Budzinski, H.;

    Chlorinated paraffins (CPs) are high-volume chemicals used in numerous industrial applications. Their quantitative analysis is extremely challenging and this work presents the optimization of an analytical method based on gas chromatography hyphenated with electron capture negative ionization time-offlight high-resolution mass spectrometry (GC-ECNI-TOF HRMS) for the simultaneous determination of short-chain and medium-chain CPs (SCCPs and MCCPs, respectively) in fish tissues (i.e. dorsal muscle). The resolution of the TOF-MS analyzer reduced or eliminated isobaric interferences and the CP response was optimized through Design of Experiment. A simple clean-up procedure based on adsorption chromatography further removed some potentially interfering organochlorines. Good selectivity, linearity and accuracy were achieved; method detection limits or limits of reporting were compatible with expected levels in wild fish (0.03-0.35 ng g-1 wet weight, ww, depending on the congener). This method was proven suitable for the analysis of CPs in tissues of common barbel Barbus, a fish species frequently used for water quality monitoring purposes in Europe. SCCPs and MCCPs were found to be widespread within the Rhône river basin (France). At all locations, MCCP concentrations (1.3-72.7 ng g-1 ww) were higher than those of SCCPs (0.3-10.6 ng g-1 ww) and levels were systematically lower than the proposed Probable No Effect Concentrations (PNEC). Spatial variations of SCCP composition profiles largely surpassed those of MCCPs, suggesting the influence of local sources.

  • Open Access French
    Authors: 
    Le Coarer, Y.; Testi, B.; Prost, O.;

    / Dans cette étude nous avons calculé des courbes de préférence d'habitat du barbeau méridional (BAM) pour les stades juvénile et adulte en fonction de la hauteur d'eau, de la vitesse d'écoulement et de la granulométrie du substrat. Nous avons échantillonné 205 ambiances de pêches électriques décrites par des mesures morphohydrauliques sur les Paillons en juin 2014 et capturé 493 BAMs. Ces travaux viennent compléter ceux effectués sur un autre fleuve côtier lui aussi proche de Nice, le Loup dans lequel nous avions capturé 390 BAMs dans 201 ambiances en septembre 2010. Cette précédente étude avait permis la construction des courbes de préférence pour le stade alevin. Ces opérations réalisées par l'Irstea avec le concours de l'ONEMA, de la Fédération de Pêche, du Conseil Général des Alpes Maritimes et du Syndicat Intercommunal des Paillons et avec l'aide financière de l'Agence de l'eau Rhône-Méditerranée & Corse permettent de disposer d'éléments techniques pour la protection du barbeau méridional, espèce « quasi-menacée ».

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  • Open Access French
    Authors: 
    Lepage, M.; Dublon, J.;

    / Le contrôle de surveillance doit permettre de récolter les données nécessaires pour évaluer l'état écologique de chaque masse d'eau sélectionnée, via l'utilisation de métriques basées sur le peuplement de poisson, en lui attribuant une note de qualité. La réalisation récurrente de ce contrôle standardisé doit également permettre d'interpréter les modifications et évolutions de ces peuplements résultant d'incidences naturelles et/ou anthropiques. Les résultats du contrôle de surveillance serviront ensuite au rapportage européen en 2015. Ce rapport présente, les résultats des campagnes de contrôle de surveillance 2011, une description de la méthodologie et des premiers résultats des campagnes sur 9 masses d'eau échantillonnées en Adour-Garonne. Une synthèse des trois années d'échantillonnage est également proposée et des pistes sont fournies quant aux potentiels problèmes à résoudre.

  • Open Access French
    Authors: 
    Le Pichon, C.; Tales, E.;

    Diagnosing impacts of streams fragmentation on fish is crucial in order to efficiently restore ecological continuity and to make blue infrastructure functional again. Using biotelemetry tools is a method to determine if fish could pass obstacles (e.g. dams, weirs) occurring across streams and finally assess restoration efficacy. A case study is presented concerning survey of brown trout populations inhabiting fragmented small headwater streams in Ile de France region. / Pour que la trame bleue soit fonctionnelle, il est important de diagnostiquer l'effet de la fragmentation des cours d'eau sur les poissons pour restaurer de manière efficace la continuité écologique. Une méthode consiste à utiliser les outils de biotélémétrie pour identifier la capacité des poissons à franchir les ouvrages existants et leurs aménagements et évaluer ainsi l'efficacité de la restauration. Un cas d'étude est présenté concernant le suivi de populations de truite dans des petits cours d'eau de têtes de bassins en Ile-de-France.

  • Open Access English
    Authors: 
    Le Coarer, Y.; Testi, B.; Beguin, J.;

    Hydropeaking flow fluctuations can affect aquatic fauna in various ways, depending on the river's morphological characteristics. We have developed a method for quantifying hydropeaking events by drawing up hydrosignatures. In a given flow, a hydrosignature quantifies the hydraulic diversity in any area/part of the aquatic space defined by either volume or area percentages on a depth and current velocity cross grid. When a two-dimensional hydraulic model for hydropeaking events is available, in a given reach, a comparative hydrosignature index can be calculated between the hydrosignature of the present time step and the initial hydrosignature, or between two hydrosignatures separated by a constant time interval. This method is useful to determine where major changes have occurred along a river, and to classify hydropeaking intensities. This approach can be used to analyse the level of hydraulic transformation of an entire reach but does not focus on the sides of the channel inhabited by the juvenile fish, which are particularly exposed to the effects of flow fluctuations. Juvenile habitats can be defined by suitability indexes which are attributed to hydraulic classes of hydrosignatures. The total weighted usable area of a juvenile habitat can be calculated at all the time steps in a hydraulic simulation by partitioning any hydraulic mesh into hydraulic classes. An index quantifying the damage to juvenile populations can then be defined by calculating the maximum change in habitat area observed during the hydropeaking event. / Selon la morphologie d'un cours d'eau, une même variation de débit suite à une éclusée peut avoir des conséquences diverses sur les communautés aquatiques en place. C'est pourquoi, nous proposons une méthode pour quantifier l'effet des éclusées à l'aide d'hydrosignatures. À un débit donné, pour une partie de l'espace aquatique, une hydrosignature quantifie la diversité hydraulique comme la répartition en pourcentages d'aires ou de volumes de verticales hydrauliques reparties dans des classes croisées de vitesses moyennes et de hauteurs d'eau. Lorsque l'on dispose d'une modélisation hydraulique bidimensionnelle d'un tronçon de rivière en éclusées, celui-ci peut être analysé en sous-tronçons de longueurs fixes, en utilisant un système de repérage en coordonnées curvilignes. Pour tout sous-tronçon, un indice de comparaison d'hydrosignatures, peut être calculé entre un pas de temps donné et l'instant initial ou entre deux instants séparés par une durée fixée. Cette méthode permet de localiser les parties d'un cours d'eau où les variations hydrauliques sont les plus importantes, mais aussi de classifier des intensités de variations hydrauliques entre cours d'eau soumis à des éclusées. Cependant, si cette approche permet de qualifier l'entièreté d'un chenal, elle ne permet pas d'analyser spécifiquement les variations hydrauliques en bordures, là où les jeunes stades de poissons sont particulièrement mis en danger par les variations hydrauliques locales. Cet habitat spécifique peut être défini par des coefficients de préférences pour des classes hydrauliques. Ces coefficients peuvent être calculés d'une façon similaire à la construction des courbes de préférences classiques à partir d'hydrosignatures d'échantillonnages par pêches électriques. Pour un tronçon de cours d'eau, l'aire pondérée utile de cet habitat peut être calculée pour chaque pas de temps d'une simulation hydraulique d'éclusée. Ces calculs sont effectués en partitionnant les mailles hydrauliques en sous-mailles n'appartenant qu'à une classe hydraulique. Un indice qualifiant le risque pour les jeunes stades de poissons peut être défini comme le maximum de variation de surface pondérée lors de l'éclusée.

  • Open Access French
    Authors: 
    Noury, P.;

    / Ce protocole décrit la mesure de l'activité enzymatique EROD (Ethoxy-Résorufine-O-Déethylase) sur fraction post-mitochondriale (S9) d'homogénat de foie de poisson par une méthode fluorimétrique sur microplaque 96 puits. Cette mesure peut être réalisée à partir d'homogénats de foies de poissons pêchés sur le terrain ou exposés en laboratoire à des effluents ou des substances. Elle permet le diagnostic de l'exposition des poissons à des inducteurs du système CYP1A. La méthode utilisée est adaptée de la norme AFNOR NFT 90-385 (sept. 2001).

  • Open Access French
    Authors: 
    Lechêne, A.;

    / Située dans la zone faiblement salée de l'estuaire de la Gironde, l'île Nouvelle s'est partiellement dépoldérisée lors de la tempête Xynthia en février 2010. Autrefois endiguée, la moitié nord de l'île est désormais régulièrement submergée au gré des marées sur une surface totale d'environ 170 hectares. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle est une opportunité unique pour suivre l'évolution d'un milieu pleinement reconnecté à l'estuaire et ayant le potentiel de recouvrer le fonctionnement écologique d'une zone intertidale naturelle - vasière ou marais. Les objectifs du présent volet de recherche sont (1) de caractériser les peuplements de poissons et de macrocrustacés présents dans la partie sud (endiguée) et la partie nord (nouvellement dépoldérisée) de l'île Nouvelle, (2) de caractériser les fonctions écologiques remplies par les deux types d'habitats pour les organismes qui les fréquentent et (3) de synthétiser, au moyen d'indicateurs simples, les informations utiles pour la gestion de la biodiversité aquatique du site. Pour répondre à ces objectifs, 10 campagnes d'échantillonnage des poissons et des crustacés ont été menées sur l'île Nouvelle et des habitats de référence proches (vasières) entre mai 2011 et décembre 2012. Malgré une gestion hydraulique favorisant les échanges avec l'estuaire de la Gironde, le secteur endigué de l'île Nouvelle présente de fortes abondances d'espèces de poissons d'eau douce introduites: pseudorasbora, gambusie, poisson-chat, perche soleil et carpe commune. Celles-ci accomplissent l'intégralité de leur cycle biologique sur le site. L'anguille occupe néanmoins un place importante dans le peuplement et semble trouver des conditions favorables à sa croissance. Par ailleurs, l'abondance de crevettes des marais témoigne de la forte productivité du milieu. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle en février 2010 initie un important remaniement des peuplements de poissons et de macrocrustacés. À la différence de la zone endiguée, les 3 espèces de poissons les plus représentatives de la zone dépoldérisée sont des espèces migratrices (mulet porc, anguille) et estuarienne (gobie tacheté). Pour ces poissons, la zone dépoldérisée joue un rôle d'alimentation voire de résidence. Le milieu est particulièrement attractif pour le mulet porc. La régression des espèces d'eau douce sur le site semble moins résulter de mortalités directes que de nouvelles conditions abiotiques éloignées de leurs préférences écologiques et incompatibles avec leur reproduction. Les poissons marins (bar, anchois) restent quant à eux peu nombreux. En raison de son risque d'extinction à l'échelle mondiale et de son niveau abondance sur l'ensemble de l'île, l'anguille est l'espèce qui présente le plus fort enjeu en matière de conservation. Les conditions nouvelles liées à la dépoldérisation ne lui sont pas défavorables et son abondance est comparable entre les zones endiguée et dépoldérisée. L'ensemble des résultats, obtenus moins de 5 ans après l'ouverture accidentelle d'une brèche dans la partie nord de l'île Nouvelle, montrent que la dépoldérisation est une option de gestion pertinente pour limiter l'abondance des espèces introduites et favoriser certains services écosystémiques comme la pêche estuarienne et côtière. Si l'on compare la dépoldérisation (nord de l'île) à un mode de gestion favorisant les échanges hydrauliques avec l'estuaire et préservant les digues (sud de l'île), le bilan en matière de conservation de la biodiversité n'est que faiblement positif voire neutre. La précocité de ces constats doit néanmoins conduire à les utiliser avec prudence: cinq ans après la dépoldérisation, il paraît en effet évident, d'une part, que les processus hydromorphologiques sont encore très actifs et, d'autre part, que les fonctions écologiques remplies par l'habitat dépoldérisé, ainsi que les espèces concernées par ces fonctions, vont évoluer dans le temps.

  • Open Access French
    Authors: 
    Benarezki, I.;

    Activated sludge is one of the most commonly used water treatment processes. However, given the complexity of its structure, it is hard to analyze in CMF. For this, it is necessary to applicate a pretreatment for the destruction of the flocks for the release of bacteria. The Flow cytometry is used to analyze cells suspended in a liquid for counting. Fluorescent markers, such as Syto9 or propidium iodide, let you know the physiological state of the cells. We optimized the sludge pretreatment, combining the homogeniza tion (150mL mud for 4 minutes with IKA T25) and treatment with ultrasound (with a specific energy of 40kJ / L). For the targeting of specific populations in activated sludge by FISH, the setting of liquid medium hybridization conditions was performed using general probes eubacteria. In a first step, a dry FISH on slide was made to ensure that the probes used (EUB, EUB-MB BH and EUB-MB BH) hybridize with the bacterial population. Liquid Fish was done by adapting the dry FISH protocol and we optimized the method (washing step).The results in CMF with the liquid FISH have concluded that the classic EUB probe approaches the Syto9 in terms of detection of fluorescent signal. Finally, hybridization was made with dry FISH method to target a bacterial population "PAO". A cocktail of three probes targeting the group PAO bacteria was coupled with a general probe to verify the conditions of hybridization ((EUBCy5/PAO mix FITC). Microscopic observations showed the presence of PAO as green mass. / La boue activée est un des procédés d'épuration les plus utilisés. Cependant, vu la complexité de sa structure, il est difficile de l'étudier en CMF. Pour cela, un prétraitement permettant la destruction des flocs pour la libération de bactéries est nécessaire. La Cytométrie en flux est utilisée pour analyser des cellules en suspension dans un liquide, en les dénombrant. En utilisant des marqueurs fluorescents, comme le Syto9 ou l'iodure de propidium, elle permet de connaître l'état physiologique des cellules. Nous avons optimisé le prétraitement de la boue, en associant l'homogénéisation (150mL de boue pendant 4 minutes avec l'IKA T25) et le traitement aux ultra-sons (avec une énergie spécifique de 40kJ/L). Dans le but de cibler des populations spécifiques dans les boues activées par FISH, le paramétrage des conditions d'hybridation en milieu liquide a été réalisé à l'aide de sondes généralistes Eubacterie. Dans un premier temps, un FISH sur lame a été réalisé afin de s'assurer que les sondes utilisées (EUB, EUB-MB BH et EUB-MB BH) s'hybrident avec la population bactérienne. Un Fish liquide a été réalisé en adaptant le protocole du FISH sur lame et optimisant la technique en éliminant les étapes de fixation et en supprimant l'étape de lavage après hybridation. Les résultats CMF du FISH liquide ont permis de conclure que l'utilisation de la sonde EUB classique se rapproche du Syto9 en terme de détection de signal fluorescent. Enfin, Un test d'hybridation FISH sur lame a été réalisé afin de cibler une population bactérienne « PAO ». Un cocktail de 3 sondes ciblant l'ensemble du groupe des bactéries PAO a été couplée à une sonde généraliste afin de vérifier les bonnes conditions d'hybridation ((EUBCy5/PAO mix FITC). Les observations microscopiques ont montré la présence de PAO sous forme d'amas vert.

  • Open Access French
    Authors: 
    Logez, M.; Argillier, C.;

    A multimetric fish index was developed by a modelling approach, to assess the ecological status of the French natural lakes in application of the Water Framework Directive. This report describes all the information required to allow the calculation of this index and its use to define the ecological status of the lakes. / Un indice multimétrique poisson dédié à l'évaluation de l'état écologique des lacs naturels français notamment dans le cadre de l'application de la Directive Cadre européenne sur l'Eau, a été développé par modélisation au sein du pôle Onema/Irstea Hydroécologie plans d'eau. Ce rapport décrit tous les éléments nécessaires et la procédure permettant le calcul de cet indice et son utilisation pour définir l'état écologique des lacs

  • Open Access
    Authors: 
    Prats, J.; Morales-Baquero, R.; Dolz, J.; Armengol, J.;

    This article describes some of the contributions of limnology to reservoir management according to a literature review and the authors' experience. After explaining the main challenges that reservoir managers have to face, some examples of management measures are given and the need to take into account the different management scales are underlined, whether temporal (multiannual, annual, daily) or spatial (catchment, river reach, reservoir or reservoir chain). The available methods for the study of reservoir ecological status are also reviewed.

  • Open Access English
    Authors: 
    Labadie, P.; Blasi, C.; Le Menach, K.; Geneste, E.; Babut, M.; Perceval, O.; Budzinski, H.;

    Chlorinated paraffins (CPs) are high-volume chemicals used in numerous industrial applications. Their quantitative analysis is extremely challenging and this work presents the optimization of an analytical method based on gas chromatography hyphenated with electron capture negative ionization time-offlight high-resolution mass spectrometry (GC-ECNI-TOF HRMS) for the simultaneous determination of short-chain and medium-chain CPs (SCCPs and MCCPs, respectively) in fish tissues (i.e. dorsal muscle). The resolution of the TOF-MS analyzer reduced or eliminated isobaric interferences and the CP response was optimized through Design of Experiment. A simple clean-up procedure based on adsorption chromatography further removed some potentially interfering organochlorines. Good selectivity, linearity and accuracy were achieved; method detection limits or limits of reporting were compatible with expected levels in wild fish (0.03-0.35 ng g-1 wet weight, ww, depending on the congener). This method was proven suitable for the analysis of CPs in tissues of common barbel Barbus, a fish species frequently used for water quality monitoring purposes in Europe. SCCPs and MCCPs were found to be widespread within the Rhône river basin (France). At all locations, MCCP concentrations (1.3-72.7 ng g-1 ww) were higher than those of SCCPs (0.3-10.6 ng g-1 ww) and levels were systematically lower than the proposed Probable No Effect Concentrations (PNEC). Spatial variations of SCCP composition profiles largely surpassed those of MCCPs, suggesting the influence of local sources.

  • Open Access French
    Authors: 
    Le Coarer, Y.; Testi, B.; Prost, O.;

    / Dans cette étude nous avons calculé des courbes de préférence d'habitat du barbeau méridional (BAM) pour les stades juvénile et adulte en fonction de la hauteur d'eau, de la vitesse d'écoulement et de la granulométrie du substrat. Nous avons échantillonné 205 ambiances de pêches électriques décrites par des mesures morphohydrauliques sur les Paillons en juin 2014 et capturé 493 BAMs. Ces travaux viennent compléter ceux effectués sur un autre fleuve côtier lui aussi proche de Nice, le Loup dans lequel nous avions capturé 390 BAMs dans 201 ambiances en septembre 2010. Cette précédente étude avait permis la construction des courbes de préférence pour le stade alevin. Ces opérations réalisées par l'Irstea avec le concours de l'ONEMA, de la Fédération de Pêche, du Conseil Général des Alpes Maritimes et du Syndicat Intercommunal des Paillons et avec l'aide financière de l'Agence de l'eau Rhône-Méditerranée & Corse permettent de disposer d'éléments techniques pour la protection du barbeau méridional, espèce « quasi-menacée ».