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/ L'objectif général de ce projet est le recueil d'informations sur les peuplements de poissons, de crustacés et d'invertébrés des milieux aquatiques permanents et temporaires du territoire du Grand Site Ste Victoire (GSSV). Ces inventaires ont permis dresser un premier état des lieux, suivi d'une analyse des conditions environnementales et en particulier des variations des conditions climatiques sur la biodiversité taxinomique et la structure fonctionnelle des communautés. Un volet d'identification des risques impactant la diversité biologique observée, ainsi que de préconisations de gestion, a été proposé. Peuplements piscicoles lacustres : Les peuplements piscicoles observés dans les retenues de Bimont et de Zola, dominés par les gardons, sont très fréquents dans ce type de milieux. Cependant, avec dix espèces, ces peuplements sont relativement bien diversifiés, notamment du fait des introductions d'espèces. La densité de poissons est nettement plus faible sur Bimont que sur Zola, mais le peuplement est beaucoup plus intéressant d'un point de vue halieutique, et semble mieux équilibré du point de vue trophique (rapport prédateurs / proies) avec la présence d'espèces appartenant à différentes guildes trophiques. Macroinvertébrés lacustres : La retenue de Zola présente en zone littorale une macrofaune benthique assez riche pour un milieu lacustre soumis à un faible marnage. L'échantillonnage des berges de la retenue de Bimont s'est avéré impossible à cause du fort marnage régulier. Enfin, les retenues, bien que toujours en eau à la période estivale, ne constituent pas de zone refuges ou des réservoirs biologiques pour les populations rhéophiles des cours d'eau voisins. Macroinvertébrés des cours d'eau : Par leurs caractéristiques hydromorphologiques, les rivières suivantes : le Bayeux, l'Abéou, le Réal de Jouques, Chante-Merle, et la Cause sont apparues comme les plus biogènes pour les trois ordres d'insectes aquatiques étudiés. L'inventaire réalisé a permis d'améliorer la connaissance faunistique de ces rivières : 55 taxons (genre ou famille) et 64 espèces ont été recensés. D'après l'inventaire géré par l'OPIE-Benthos, sur ces 64 espèces d'insectes aquatiques, 42 n'avaient pas encore fait l'objet d'observation au sein du département. Les résultats obtenus ont permis de mieux cerner les facteurs de contrôle des divers types de cours d'eau présents (base karstique dominante ou non, assèchement ou non, écoulement éphémère, stabilité versus instabilité thermique, incrustation calcaire plus ou moins forte ) et de mettre en évidence des structurations biologiques non organisées selon un gradient longitudinal. Peuplements piscicoles et astacicoles des cours d'eau : Les inventaires piscicoles des cours d'eau étudiés ont montré que les peuplements de ces rivières, à l'exception de la partie aval du Réal, ne présentent pas une diversité spécifique importante. Ces communautés sont typiques des zones amont des petits cours d'eau : peu d'espèces y sont rencontrées, mais celles-ci sont exigeantes en terme de qualité des habitats et de l'eau. La viabilité des populations présentes ne semble pas compromise. Les mesures de gestion proposées reposent principalement sur la préservation des milieux aquatiques et rivulaires existants, et sur l'adaptation de la gestion halieutique. Plusieurs espèces d'écrevisse ont été rencontrées dans les cours d'eau du GSSV: des espèces exogènes sont présentes dans les sous bassins-versant de la Cause, du Grand-Vallat, et du Réal. Seul le sous bassin-versant du Bayeux héberge l'espèce indigène et protégée : l'écrevisse à pattes blanches. Deux populations de cette espèces y sont en densité importante, mais sur de très faibles linéaires colonisés : elles constituent les deux uniques populations recensées dans le département. La fragilité accrue de ces peuplements impose la mise en place de mesures de gestion particulières.

The Water Framework Directive (WFD) establishes a framework for protecting and managing the different waterbodies: surface, transitory, coastal and underground waters. The WFD specifies that the different biocenosis components (diatom, macrophyte, benthic macroinvertebrate, and fish) must be taken into account in assessing the condition of waterbodies, a major innovation compared to past policies. The WFD recommends evaluating the ecological status of the waterbodies by comparing the observed communities to theoretical communities expected to reflect in reference conditions (without human pressures). The implementation of the WFD by the different member countries quickened the development of indices based on various assemblage characteristics (metrics) to diagnose the ecological state. In parallel to the national fish index, the first Pan-European fish index was developed within the European FAME project: the European Fish Index (EFI). The ten metrics integrated into the EFI computation are based on species' biological and ecological characteristics (e.g., spawning substrate, type of reproduction). Although the EFI score shows a satisfying response to the degradation level, several hypotheses underlying the development of a multimetric index (MMI) were not addressed in the FAME project. MMIs are based on several premises: taking into account different assemblage characteristics enables a better assessment of the system's conditions, metrics show a specific response to human pressures and should reflect the specificities of the region where they are applied, and the score associated with a metric should only reflect the between-site difference in degradation. The first part of this thesis tested a number of these hypotheses and developed new metrics specific to low-species rivers. The study of the relation between traits highlights the relative functional redundancy of the communities, especially for the characteristics related to species tolerance and species reproduction. The assemblage's functional structure was also shown to vary along river's physical and thermal gradients, in much the same way between Western Europe and the Iberian Peninsula, although these two regions have distinct species pools. Nevertheless, some metrics display a divergent response to the environment between these two regions. In addition, among the 96 metrics tested combining both species traits and fish body size, three were successfully modelled by the environment and are sensitive to anthropogenic alterations. These results show that it is possible to evaluate stream condition using assemblage size structure, especially when species richness is very low. All these investigations served to develop the new European fish index conceived within the European EFI+ project. The second part proposes solutions to estimate the uncertainty related to metric and index scores. The metric's expected values in absence of pressures are predicted using statistical models relating the metric to the environment. Two approaches were proposed to estimate the prediction interval associated with expected metric values. The uncertainty associated with metric and index scores was estimated by propagating the error associated with the expected values (prediction interval limits). The third part consists in evaluating the potential effect of global climate change on the assessment of the stream's ecological status using predictive indicators. It was shown that temperature plays a major role on brown trout (Salmo trutta fario) young of the year and species distribution. These results suggest long-term consequences on how streams are currently assessed, especially on the reference states. / La Directive Cadre sur l'eau (DCE) fournit un cadre pour la gestion et la protection des masses d'eau de surface, côtières, souterraines et de transition. Une des avancées majeures de la DCE est la prise en compte des différents compartiments biologiques (algues, macrophytes, macro-invertébrés et poissons) dans l'évaluation de l'état des masses d'eau. La DCE recommande que l'état écologique des masses d'eau soit évalué en comparant les communautés actuelles aux communautés théoriques observables dans les conditions de références (sans pressions anthropiques). La mise en place de la DCE par les différents états membres, a accéléré le développement d'indices basés sur plusieurs descripteurs des communautés (métriques) pour diagnostiquer l'état écologique. Parallèlement aux indices poissons conçus à l'échelle nationale, le projet européen FAME a permis l'élaboration d'un premier indice poisson pan-européen (European Fish Index, EFI). Les 10 métriques, intégrées dans le calcul du score de cet indice, sont basées sur les caractéristiques (traits) biologiques et écologiques des espèces (ex. le substrat de ponte, le type de reproduction). Bien qu'EFI présente une réponse satisfaisante aux niveaux de dégradation des sites, plusieurs hypothèses sous-jacentes au développement de MMI n'ont pu être testées au cours du projet FAME. Le développement des indices multimétriques (MMI) repose en effet sur plusieurs postulats : la prise en compte de plusieurs caractéristiques des communautés devrait permettre une meilleure estimation de la condition des systèmes, les métriques intégrées au calcul de l'indice présentent des réponses spécifiques aux pressions et rendent compte de la particularité de la région où elles sont appliquées, le score (note) associé à une métrique pour un site donné est influencé uniquement par l'intensité de la dégradation . La première partie de ce travail vise à tester certaines de ces hypothèses, et à développer des métriques spécifiques aux cours d'eau à faible richesse spécifique. L'étude du lien entre traits met en évidence une relative redondance fonctionnelle des communautés, notamment concernant les caractéristiques liées à la tolérance et à la reproduction des espèces. Il est aussi montré que la structure fonctionnelle des communautés évolue le long des gradients thermiques et physiques des cours d'eau de façon relativement similaire entre l'Europe de l'Ouest et la péninsule Ibérique, deux régions aux pools spécifiques pourtant distincts. Néanmoins certaines métriques présentent des réponses divergentes à l'environnement entre ces deux régions. Par ailleurs, parmi les 96 métriques testées intégrant les traits des espèces et la taille des individus, trois ont été modélisées avec succès en fonction de l'environnement et sont sensibles à l'altération anthropique. Ces résultats montrent qu'il est possible de prendre en compte la structure en tailles des peuplements dans l'évaluation des cours d'eau, en particulier lorsque la richesse spécifique est très faible. L'ensemble de ces travaux ont servi à la conception du nouvel indice poisson européen développé dans le cadre du projet européen EFI+. La deuxième partie de ce travail consiste à proposer des solutions pour l'estimation de l'incertitude associée aux scores des métriques et de l'indice. Les valeurs attendues des métriques en absence de pressions sont prédites par des modèles statistiques reliant les métriques à l'environnement. Deux approches ont été proposées pour estimer l'intervalle de confiance de prédiction associé aux valeurs attendues des métriques. L'incertitude autour des métriques et de l'indice est estimée en propageant l'erreur autour des valeurs attendues (limites de l'intervalle de prédiction) des métriques. La troisième partie de ce travail a pour objet d'évaluer l'effet du changement climatique sur la mesure de l'état écologique des cours d'eau à l'aide d'indicateur de type prédictif. Il a été mis en évidence que la température joue un rôle majeur sur la croissance des jeunes de l'année de truite (Salmo trutta fario) et sur la distribution des espèces. Ces résultats présagent de conséquences importantes sur le long terme sur les modes actuels d'évaluation des cours d'eau et en particulier les états de référence.

/ Le contrôle de surveillance doit permettre de récolter les données nécessaires pour évaluer l'état écologique de chaque masse d'eau sélectionnée, via l'utilisation de métriques basées sur le peuplement de poisson, en lui attribuant une note de qualité. La réalisation récurrente de ce contrôle standardisé doit également permettre d'interpréter les modifications et évolutions de ces peuplements résultant d'incidences naturelles et/ou anthropiques. Les résultats du contrôle de surveillance serviront ensuite au rapportage européen en 2015. Ce rapport présente, les résultats des campagnes de contrôle de surveillance 2011, une description de la méthodologie et des premiers résultats des campagnes sur 9 masses d'eau échantillonnées en Adour-Garonne. Une synthèse des trois années d'échantillonnage est également proposée et des pistes sont fournies quant aux potentiels problèmes à résoudre.

In this thesis, we studied the behavioral responses of fish to contrasting variations of the environment (flow, temperature and photoperiod) in order to understand (1) how fish react to these changes and (2) if they have developed behavioral strategies in response to these variations. The behavioral data set used in this thesis comes from a continuous telemetry monitoring realized during 89 days and recording positions of 61 fish of which 23 of barbel, 19 chub and 11 catfish. The study site is an area of 2 km of the Rhone River subject to hydropeaking and located front of the Bugey nuclear power plant that generates water heated on the right bank. The study site is the subject of a 2D hydrodynamic modeling to know, at any point of the site and for all flow values, the local abiotic conditions. In order to know the quality of positions acquired during telemetric monitoring and how the performance of the telemetry system is likely to vary during the monitoring of fish movements, the accuracy of this system has been previously studied in this thesis. To the best of possible combinations of intrinsic variables, the probability of detection varies from 0 to 80%, and the average error is 3-5 m in the channel and

Diagnosing impacts of streams fragmentation on fish is crucial in order to efficiently restore ecological continuity and to make blue infrastructure functional again. Using biotelemetry tools is a method to determine if fish could pass obstacles (e.g. dams, weirs) occurring across streams and finally assess restoration efficacy. A case study is presented concerning survey of brown trout populations inhabiting fragmented small headwater streams in Ile de France region. / Pour que la trame bleue soit fonctionnelle, il est important de diagnostiquer l'effet de la fragmentation des cours d'eau sur les poissons pour restaurer de manière efficace la continuité écologique. Une méthode consiste à utiliser les outils de biotélémétrie pour identifier la capacité des poissons à franchir les ouvrages existants et leurs aménagements et évaluer ainsi l'efficacité de la restauration. Un cas d'étude est présenté concernant le suivi de populations de truite dans des petits cours d'eau de têtes de bassins en Ile-de-France.

/ Ce protocole décrit la mesure de l'activité enzymatique EROD (Ethoxy-Résorufine-O-Déethylase) sur fraction post-mitochondriale (S9) d'homogénat de foie de poisson par une méthode fluorimétrique sur microplaque 96 puits. Cette mesure peut être réalisée à partir d'homogénats de foies de poissons pêchés sur le terrain ou exposés en laboratoire à des effluents ou des substances. Elle permet le diagnostic de l'exposition des poissons à des inducteurs du système CYP1A. La méthode utilisée est adaptée de la norme AFNOR NFT 90-385 (sept. 2001).

Activated sludge is one of the most commonly used water treatment processes. However, given the complexity of its structure, it is hard to analyze in CMF. For this, it is necessary to applicate a pretreatment for the destruction of the flocks for the release of bacteria. The Flow cytometry is used to analyze cells suspended in a liquid for counting. Fluorescent markers, such as Syto9 or propidium iodide, let you know the physiological state of the cells. We optimized the sludge pretreatment, combining the homogeniza tion (150mL mud for 4 minutes with IKA T25) and treatment with ultrasound (with a specific energy of 40kJ / L). For the targeting of specific populations in activated sludge by FISH, the setting of liquid medium hybridization conditions was performed using general probes eubacteria. In a first step, a dry FISH on slide was made to ensure that the probes used (EUB, EUB-MB BH and EUB-MB BH) hybridize with the bacterial population. Liquid Fish was done by adapting the dry FISH protocol and we optimized the method (washing step).The results in CMF with the liquid FISH have concluded that the classic EUB probe approaches the Syto9 in terms of detection of fluorescent signal. Finally, hybridization was made with dry FISH method to target a bacterial population "PAO". A cocktail of three probes targeting the group PAO bacteria was coupled with a general probe to verify the conditions of hybridization ((EUBCy5/PAO mix FITC). Microscopic observations showed the presence of PAO as green mass. / La boue activée est un des procédés d'épuration les plus utilisés. Cependant, vu la complexité de sa structure, il est difficile de l'étudier en CMF. Pour cela, un prétraitement permettant la destruction des flocs pour la libération de bactéries est nécessaire. La Cytométrie en flux est utilisée pour analyser des cellules en suspension dans un liquide, en les dénombrant. En utilisant des marqueurs fluorescents, comme le Syto9 ou l'iodure de propidium, elle permet de connaître l'état physiologique des cellules. Nous avons optimisé le prétraitement de la boue, en associant l'homogénéisation (150mL de boue pendant 4 minutes avec l'IKA T25) et le traitement aux ultra-sons (avec une énergie spécifique de 40kJ/L). Dans le but de cibler des populations spécifiques dans les boues activées par FISH, le paramétrage des conditions d'hybridation en milieu liquide a été réalisé à l'aide de sondes généralistes Eubacterie. Dans un premier temps, un FISH sur lame a été réalisé afin de s'assurer que les sondes utilisées (EUB, EUB-MB BH et EUB-MB BH) s'hybrident avec la population bactérienne. Un Fish liquide a été réalisé en adaptant le protocole du FISH sur lame et optimisant la technique en éliminant les étapes de fixation et en supprimant l'étape de lavage après hybridation. Les résultats CMF du FISH liquide ont permis de conclure que l'utilisation de la sonde EUB classique se rapproche du Syto9 en terme de détection de signal fluorescent. Enfin, Un test d'hybridation FISH sur lame a été réalisé afin de cibler une population bactérienne « PAO ». Un cocktail de 3 sondes ciblant l'ensemble du groupe des bactéries PAO a été couplée à une sonde généraliste afin de vérifier les bonnes conditions d'hybridation ((EUBCy5/PAO mix FITC). Les observations microscopiques ont montré la présence de PAO sous forme d'amas vert.

/ Située dans la zone faiblement salée de l'estuaire de la Gironde, l'île Nouvelle s'est partiellement dépoldérisée lors de la tempête Xynthia en février 2010. Autrefois endiguée, la moitié nord de l'île est désormais régulièrement submergée au gré des marées sur une surface totale d'environ 170 hectares. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle est une opportunité unique pour suivre l'évolution d'un milieu pleinement reconnecté à l'estuaire et ayant le potentiel de recouvrer le fonctionnement écologique d'une zone intertidale naturelle - vasière ou marais. Les objectifs du présent volet de recherche sont (1) de caractériser les peuplements de poissons et de macrocrustacés présents dans la partie sud (endiguée) et la partie nord (nouvellement dépoldérisée) de l'île Nouvelle, (2) de caractériser les fonctions écologiques remplies par les deux types d'habitats pour les organismes qui les fréquentent et (3) de synthétiser, au moyen d'indicateurs simples, les informations utiles pour la gestion de la biodiversité aquatique du site. Pour répondre à ces objectifs, 10 campagnes d'échantillonnage des poissons et des crustacés ont été menées sur l'île Nouvelle et des habitats de référence proches (vasières) entre mai 2011 et décembre 2012. Malgré une gestion hydraulique favorisant les échanges avec l'estuaire de la Gironde, le secteur endigué de l'île Nouvelle présente de fortes abondances d'espèces de poissons d'eau douce introduites: pseudorasbora, gambusie, poisson-chat, perche soleil et carpe commune. Celles-ci accomplissent l'intégralité de leur cycle biologique sur le site. L'anguille occupe néanmoins un place importante dans le peuplement et semble trouver des conditions favorables à sa croissance. Par ailleurs, l'abondance de crevettes des marais témoigne de la forte productivité du milieu. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle en février 2010 initie un important remaniement des peuplements de poissons et de macrocrustacés. À la différence de la zone endiguée, les 3 espèces de poissons les plus représentatives de la zone dépoldérisée sont des espèces migratrices (mulet porc, anguille) et estuarienne (gobie tacheté). Pour ces poissons, la zone dépoldérisée joue un rôle d'alimentation voire de résidence. Le milieu est particulièrement attractif pour le mulet porc. La régression des espèces d'eau douce sur le site semble moins résulter de mortalités directes que de nouvelles conditions abiotiques éloignées de leurs préférences écologiques et incompatibles avec leur reproduction. Les poissons marins (bar, anchois) restent quant à eux peu nombreux. En raison de son risque d'extinction à l'échelle mondiale et de son niveau abondance sur l'ensemble de l'île, l'anguille est l'espèce qui présente le plus fort enjeu en matière de conservation. Les conditions nouvelles liées à la dépoldérisation ne lui sont pas défavorables et son abondance est comparable entre les zones endiguée et dépoldérisée. L'ensemble des résultats, obtenus moins de 5 ans après l'ouverture accidentelle d'une brèche dans la partie nord de l'île Nouvelle, montrent que la dépoldérisation est une option de gestion pertinente pour limiter l'abondance des espèces introduites et favoriser certains services écosystémiques comme la pêche estuarienne et côtière. Si l'on compare la dépoldérisation (nord de l'île) à un mode de gestion favorisant les échanges hydrauliques avec l'estuaire et préservant les digues (sud de l'île), le bilan en matière de conservation de la biodiversité n'est que faiblement positif voire neutre. La précocité de ces constats doit néanmoins conduire à les utiliser avec prudence: cinq ans après la dépoldérisation, il paraît en effet évident, d'une part, que les processus hydromorphologiques sont encore très actifs et, d'autre part, que les fonctions écologiques remplies par l'habitat dépoldérisé, ainsi que les espèces concernées par ces fonctions, vont évoluer dans le temps.

The objective of improving understanding of life-history traits of organisms and their variation is recurrent in ecology. It is now widely accepted that environmental constraints in freshwaters play a key role in life-history trait variations in fish. In this context, this work aims to study the relationships between life-history traits of European freshwater fish and their environment focusing on different biological levels (population and species) and different spatial scales (continental, regional and local scales). Using biological and environmental data from published sources at the European scale and from field work in the Rhone river basin, this work illustrates (1) the effect of temperature at the continental and regional scales on several population traits, that are not confirmed for all species and (2) the weak effect of hydraulics at the continental and regional scales on population traits. By contrast, this work identifies more important relationships between hydraulics and traits than between temperature and traits at the species level. Microhabitat hydraulics seems to provide a template for species ecological strategies with fast-flowing and shallow microhabitats (riffles) selecting opportunistic species. The comparison between the intraspecific variation in traits and the interspecific variation in traits illustrates the relevance of using traits estimated at the species level and at the regional scale, and traits such as fecundity and traits associated with body size estimated at the species level from literature, in interspecific and inter-communities comparative approaches. By integrating variation of multiple traits in different biological levels and at different spatial scales, my thesis provides interesting elements for ecologists of different disciplines such as population biology and dynamics, species biology, community ecology and evolutionary ecology. / Un objectif récurrent en écologie concerne la connaissance des traits d'histoire de vie et de leur variabilité. En eau douce, les contraintes environnementales sont omniprésentes pour les poissons et jouent un rôle important dans la variabilité des traits d'histoire de vie des organismes. Dans ce cadre, l'objectif principal de cette thèse consiste à étudier les liens entre les traits des poissons d'eau douce européens et l'environnement en privilégient une approche à plusieurs niveaux biologiques (population et espèce) et échelles spatiales (continentale, régionale et locale). Grâce à une importante somme de données biologiques et environnementales acquises à la fois par une vaste recherche bibliographique à l'échelle de l'Europe et un important travail de terrain sur le bassin Rhodanien, ce travail illustre (1) un effet de la température à l'échelle continentale et régionale sur plusieurs traits de populations, qui ne se confirme cependant pas pour toutes les espèces et (2) un effet très faible de l'hydraulique à l'échelle continentale et régionale sur les traits des populations. A l'opposé, au niveau de l'espèce, les relations entre les traits et l'hydraulique semblent prédominer sur les relations entre les traits et la température. L'hydraulique à l'échelle du micro-habitat joue un rôle d' "habitat template" pour les stratégies des espèces, les milieux peu profonds et rapides sélectionnant les espèces à stratégie démographique opportuniste. La comparaison entre la variabilité intraspécifique et la variabilité interspécifique des traits illustre la pertinence d'utiliser dans les approches comparatives interspécifiques et inter-communautés des traits d'espèces mesurés à l'échelle régionale et des traits d'espèces issus de la littérature comme la fécondité et les traits liés à la taille, et cela malgré leur variabilité intraspécifique. En intégrant la variabilité de nombreux traits à plusieurs niveaux biologiques et échelles spatiales, ma thèse apporte des éléments de réflexion aux écologues de différentes disciplines telles que la dynamique et la biologie des populations, la biologie des espèces, l'écologie des communautés et l'écologie évolutive.

/ L'organisation des peuplements de poissons d'eaux courantes dépend non seulement de la diversité des habitats aquatiques, mais aussi de leur arrangement spatial et de leur connectivité fonctionnelle au sein du réseau hydrographique (Schlosser, 1995). La notion de connectivité est particulièrement importante dans le contexte de cours d'eau anthropisés: en effet, il ne suffit pas que les habitats vitaux des espèces de poissons soient présents dans le milieu aquatique, encore faut-il qu'ils soient accessibles pour les poissons via des processus migratoires liés à leur cycle de vie. L'anthropisation des cours d'eau peut entraîner à la fois une disparition de certains habitats et globalement, une fragmentation de leurs réseaux hydrographiques par l'implantation d'obstacles physiques (barrages ou seuils) ou chimiques (rejets provoquant une discontinuité locale), qui va entraver les déplacements des poissons. Les objectifs du travail entrepris dans la phase 5 du PIREN-Seine sont ainsi d'évaluer les effets de la présence de discontinuités dans le réseau hydrographique sur l'occurrence et la distribution spatiale des espèces de poissons. Repérer les discontinuités qui potentiellement affectent la continuité biologique des cours d'eau est critique pour élaborer des scénarios de restauration. Dans ce cadre, il faut notamment comprendre comment certaines discontinuités à l'intérieur du réseau hydrographique sont susceptibles de fragmenter les habitats disponibles pour les poissons. Il est donc nécessaire de connaître à la fois: · la structure spatiale des habitats en place dans les réseaux hydrographiques · la localisation et la nature des discontinuités (physiques et/ou chimiques) qui peuvent altérer la continuité longitudinale des cours d'eau pour les poissons · l'occurrence et la distribution spatiale des espèces de poissons dans les cours d'eau. L'analyse spatiale combinée de ces trois types d'informations constitue un premier élément de réponse aux objectifs de cette étude. Le présent rapport rend compte de l'avancée des travaux entrepris sur deux petits bassins versants témoins : le bassin de l'Orgeval (affluent du Grand Morin, Seine-et-Marne) et le bassin de la Mauldre (affluent de la Seine, Yvelines), contrastés du point de vue de leur occupation des sols (rural versus urbain) (Talès et al. 2008). Les travaux entrepris sur les deux bassins sont à des stades d'avancement différents. Sur l'Orgeval l'acquisition sur le terrain des données d'habitat a déjà été réalisée lors des années précédentes, celle de données piscicoles entreprise dès 2007 a été complétée en 2009. Ceci rend possible le croisement entre la répartition des espèces et la structure spatiale des habitats. Sur la Mauldre le travail reste moins avancé l'essentiel des actions en 2009 ayant été consacrées à la géolocalisation des habitats et discontinuités sur le terrain.