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/ Le contrôle de surveillance doit permettre de récolter les données nécessaires pour évaluer l'état écologique de chaque masse d'eau sélectionnée, via l'utilisation de métriques basées sur le peuplement de poisson, en lui attribuant une note de qualité. La réalisation récurrente de ce contrôle standardisé doit également permettre d'interpréter les modifications et évolutions de ces peuplements résultant d'incidences naturelles et/ou anthropiques. Les résultats du contrôle de surveillance serviront ensuite au rapportage européen en 2015. Ce rapport présente, les résultats des campagnes de contrôle de surveillance 2011, une description de la méthodologie et des premiers résultats des campagnes sur 9 masses d'eau échantillonnées en Adour-Garonne. Une synthèse des trois années d'échantillonnage est également proposée et des pistes sont fournies quant aux potentiels problèmes à résoudre.

Diagnosing impacts of streams fragmentation on fish is crucial in order to efficiently restore ecological continuity and to make blue infrastructure functional again. Using biotelemetry tools is a method to determine if fish could pass obstacles (e.g. dams, weirs) occurring across streams and finally assess restoration efficacy. A case study is presented concerning survey of brown trout populations inhabiting fragmented small headwater streams in Ile de France region. / Pour que la trame bleue soit fonctionnelle, il est important de diagnostiquer l'effet de la fragmentation des cours d'eau sur les poissons pour restaurer de manière efficace la continuité écologique. Une méthode consiste à utiliser les outils de biotélémétrie pour identifier la capacité des poissons à franchir les ouvrages existants et leurs aménagements et évaluer ainsi l'efficacité de la restauration. Un cas d'étude est présenté concernant le suivi de populations de truite dans des petits cours d'eau de têtes de bassins en Ile-de-France.

/ Ce protocole décrit la mesure de l'activité enzymatique EROD (Ethoxy-Résorufine-O-Déethylase) sur fraction post-mitochondriale (S9) d'homogénat de foie de poisson par une méthode fluorimétrique sur microplaque 96 puits. Cette mesure peut être réalisée à partir d'homogénats de foies de poissons pêchés sur le terrain ou exposés en laboratoire à des effluents ou des substances. Elle permet le diagnostic de l'exposition des poissons à des inducteurs du système CYP1A. La méthode utilisée est adaptée de la norme AFNOR NFT 90-385 (sept. 2001).

/ Située dans la zone faiblement salée de l'estuaire de la Gironde, l'île Nouvelle s'est partiellement dépoldérisée lors de la tempête Xynthia en février 2010. Autrefois endiguée, la moitié nord de l'île est désormais régulièrement submergée au gré des marées sur une surface totale d'environ 170 hectares. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle est une opportunité unique pour suivre l'évolution d'un milieu pleinement reconnecté à l'estuaire et ayant le potentiel de recouvrer le fonctionnement écologique d'une zone intertidale naturelle - vasière ou marais. Les objectifs du présent volet de recherche sont (1) de caractériser les peuplements de poissons et de macrocrustacés présents dans la partie sud (endiguée) et la partie nord (nouvellement dépoldérisée) de l'île Nouvelle, (2) de caractériser les fonctions écologiques remplies par les deux types d'habitats pour les organismes qui les fréquentent et (3) de synthétiser, au moyen d'indicateurs simples, les informations utiles pour la gestion de la biodiversité aquatique du site. Pour répondre à ces objectifs, 10 campagnes d'échantillonnage des poissons et des crustacés ont été menées sur l'île Nouvelle et des habitats de référence proches (vasières) entre mai 2011 et décembre 2012. Malgré une gestion hydraulique favorisant les échanges avec l'estuaire de la Gironde, le secteur endigué de l'île Nouvelle présente de fortes abondances d'espèces de poissons d'eau douce introduites: pseudorasbora, gambusie, poisson-chat, perche soleil et carpe commune. Celles-ci accomplissent l'intégralité de leur cycle biologique sur le site. L'anguille occupe néanmoins un place importante dans le peuplement et semble trouver des conditions favorables à sa croissance. Par ailleurs, l'abondance de crevettes des marais témoigne de la forte productivité du milieu. La dépoldérisation de la partie nord de l'île Nouvelle en février 2010 initie un important remaniement des peuplements de poissons et de macrocrustacés. À la différence de la zone endiguée, les 3 espèces de poissons les plus représentatives de la zone dépoldérisée sont des espèces migratrices (mulet porc, anguille) et estuarienne (gobie tacheté). Pour ces poissons, la zone dépoldérisée joue un rôle d'alimentation voire de résidence. Le milieu est particulièrement attractif pour le mulet porc. La régression des espèces d'eau douce sur le site semble moins résulter de mortalités directes que de nouvelles conditions abiotiques éloignées de leurs préférences écologiques et incompatibles avec leur reproduction. Les poissons marins (bar, anchois) restent quant à eux peu nombreux. En raison de son risque d'extinction à l'échelle mondiale et de son niveau abondance sur l'ensemble de l'île, l'anguille est l'espèce qui présente le plus fort enjeu en matière de conservation. Les conditions nouvelles liées à la dépoldérisation ne lui sont pas défavorables et son abondance est comparable entre les zones endiguée et dépoldérisée. L'ensemble des résultats, obtenus moins de 5 ans après l'ouverture accidentelle d'une brèche dans la partie nord de l'île Nouvelle, montrent que la dépoldérisation est une option de gestion pertinente pour limiter l'abondance des espèces introduites et favoriser certains services écosystémiques comme la pêche estuarienne et côtière. Si l'on compare la dépoldérisation (nord de l'île) à un mode de gestion favorisant les échanges hydrauliques avec l'estuaire et préservant les digues (sud de l'île), le bilan en matière de conservation de la biodiversité n'est que faiblement positif voire neutre. La précocité de ces constats doit néanmoins conduire à les utiliser avec prudence: cinq ans après la dépoldérisation, il paraît en effet évident, d'une part, que les processus hydromorphologiques sont encore très actifs et, d'autre part, que les fonctions écologiques remplies par l'habitat dépoldérisé, ainsi que les espèces concernées par ces fonctions, vont évoluer dans le temps.

Activated sludge is one of the most commonly used water treatment processes. However, given the complexity of its structure, it is hard to analyze in CMF. For this, it is necessary to applicate a pretreatment for the destruction of the flocks for the release of bacteria. The Flow cytometry is used to analyze cells suspended in a liquid for counting. Fluorescent markers, such as Syto9 or propidium iodide, let you know the physiological state of the cells. We optimized the sludge pretreatment, combining the homogeniza tion (150mL mud for 4 minutes with IKA T25) and treatment with ultrasound (with a specific energy of 40kJ / L). For the targeting of specific populations in activated sludge by FISH, the setting of liquid medium hybridization conditions was performed using general probes eubacteria. In a first step, a dry FISH on slide was made to ensure that the probes used (EUB, EUB-MB BH and EUB-MB BH) hybridize with the bacterial population. Liquid Fish was done by adapting the dry FISH protocol and we optimized the method (washing step).The results in CMF with the liquid FISH have concluded that the classic EUB probe approaches the Syto9 in terms of detection of fluorescent signal. Finally, hybridization was made with dry FISH method to target a bacterial population "PAO". A cocktail of three probes targeting the group PAO bacteria was coupled with a general probe to verify the conditions of hybridization ((EUBCy5/PAO mix FITC). Microscopic observations showed the presence of PAO as green mass. / La boue activée est un des procédés d'épuration les plus utilisés. Cependant, vu la complexité de sa structure, il est difficile de l'étudier en CMF. Pour cela, un prétraitement permettant la destruction des flocs pour la libération de bactéries est nécessaire. La Cytométrie en flux est utilisée pour analyser des cellules en suspension dans un liquide, en les dénombrant. En utilisant des marqueurs fluorescents, comme le Syto9 ou l'iodure de propidium, elle permet de connaître l'état physiologique des cellules. Nous avons optimisé le prétraitement de la boue, en associant l'homogénéisation (150mL de boue pendant 4 minutes avec l'IKA T25) et le traitement aux ultra-sons (avec une énergie spécifique de 40kJ/L). Dans le but de cibler des populations spécifiques dans les boues activées par FISH, le paramétrage des conditions d'hybridation en milieu liquide a été réalisé à l'aide de sondes généralistes Eubacterie. Dans un premier temps, un FISH sur lame a été réalisé afin de s'assurer que les sondes utilisées (EUB, EUB-MB BH et EUB-MB BH) s'hybrident avec la population bactérienne. Un Fish liquide a été réalisé en adaptant le protocole du FISH sur lame et optimisant la technique en éliminant les étapes de fixation et en supprimant l'étape de lavage après hybridation. Les résultats CMF du FISH liquide ont permis de conclure que l'utilisation de la sonde EUB classique se rapproche du Syto9 en terme de détection de signal fluorescent. Enfin, Un test d'hybridation FISH sur lame a été réalisé afin de cibler une population bactérienne « PAO ». Un cocktail de 3 sondes ciblant l'ensemble du groupe des bactéries PAO a été couplée à une sonde généraliste afin de vérifier les bonnes conditions d'hybridation ((EUBCy5/PAO mix FITC). Les observations microscopiques ont montré la présence de PAO sous forme d'amas vert.

A multimetric fish index was developed by a modelling approach, to assess the ecological status of the French natural lakes in application of the Water Framework Directive. This report describes all the information required to allow the calculation of this index and its use to define the ecological status of the lakes. / Un indice multimétrique poisson dédié à l'évaluation de l'état écologique des lacs naturels français notamment dans le cadre de l'application de la Directive Cadre européenne sur l'Eau, a été développé par modélisation au sein du pôle Onema/Irstea Hydroécologie plans d'eau. Ce rapport décrit tous les éléments nécessaires et la procédure permettant le calcul de cet indice et son utilisation pour définir l'état écologique des lacs

/ Dans cette étude nous avons calculé des courbes de préférence d'habitat du barbeau méridional (BAM) pour les stades juvénile et adulte en fonction de la hauteur d'eau, de la vitesse d'écoulement et de la granulométrie du substrat. Nous avons échantillonné 205 ambiances de pêches électriques décrites par des mesures morphohydrauliques sur les Paillons en juin 2014 et capturé 493 BAMs. Ces travaux viennent compléter ceux effectués sur un autre fleuve côtier lui aussi proche de Nice, le Loup dans lequel nous avions capturé 390 BAMs dans 201 ambiances en septembre 2010. Cette précédente étude avait permis la construction des courbes de préférence pour le stade alevin. Ces opérations réalisées par l'Irstea avec le concours de l'ONEMA, de la Fédération de Pêche, du Conseil Général des Alpes Maritimes et du Syndicat Intercommunal des Paillons et avec l'aide financière de l'Agence de l'eau Rhône-Méditerranée & Corse permettent de disposer d'éléments techniques pour la protection du barbeau méridional, espèce « quasi-menacée ».

The accumulation of persistent compounds in biota creates environmental, health and regulatory concerns. Among these substances, the poly-fluorinated compounds (PFASs) represents a case of interest due to their specific physicochemical properties. So the PFAs behavior in the environment is difficult to predict as the existing tools are not suitable. Athough it is recognized that these compounds are persistent and accumulate in biota, many knowledge gaps remain, including the mechanisms of sediment-biota transfer and the factors that control them. This thesis examines the role of sediment in the accumulation process, especially (a) exposure routes of biota, (b) role of biodiversity in the accumulation, by exposing two benthic invertebrates (Chironomus riparius and Gammarus sp.) to natural sediment. The description of PFASs kinetics of accumulation and elimination have showed the biodisponibility of the compounds to organisms. Thus, a bioaccumulation model including the organisms growth and the specificity of the compounds was used to estimate the accumulation and depuration rate constants (ku and ke). A conceptual representation of compounds transfer allowed us to understand the major routes for organisms contamination. Moreover, the interspecific variability has been assessed by comparing the PFASs bioaccumulation and transfer pathways for both invertebrates. This thesis have helped to open up many issues, and especially the influence of both biofilm and organism bioturbation on PFASs bioaccumulation. Moreover some new perspectives on the study of biomagnification were opened. / L'accumulation de composés persistants dans le biote constitue des préoccupations écologiques, sanitaires et réglementaires. Parmi ces substances, les composés per- et poly-fluorés (PFASs) représentent un cas d'intérêt, en raison de leurs propriétés physico-chimiques particulières. Ces dernières rendent le comportement des PFASs dans l'environnement difficilement prévisibles, les outils actuels n'étant pas adaptés. Bien qu'il soit reconnu que ces composés sont persistants et s'accumulent dans le biote, de nombreuses inconnues subsistent, notamment sur les mécanismes de transferts sédiment-biote et des facteurs qui les contrôlent. Ce travail de thèse aborde le rôle du sédiment dans les processus d'accumulation, et plus particulièrement (a) les voies d'exposition du biote, (b) le rôle de la diversité biologique dans l'accumulation, par l'exposition de deux invertébrés benthiques (Chironomus riparius et gammarus sp.) à du sédiment naturel. La description des cinétiques d'accumulation et d'élimination des PFASs ont mis en évidence la biodisponibilité des composés pour les organismes. Ainsi, un modèle de bioaccumulation en accord avec la croissance des organismes et des particularités des composés a permis d'estimer des constantes d'accumulation et de dépuration (ku et ke). Une représentation conceptuelle du transfert des composés, a permis de comprendre les principales voies de contamination des organismes. D'autre part, la variabilité interspécifique a été évaluée par la comparaison de la bioaccumulation et des voies de transfert des PFASs chez ces deux invertébrés. Ce travail de thèse aura alors permis d'ouvrir de nombreuses questions, notamment celles du rôle du biofilm et de la bioturbation des organismes dans la bioaccumulation et ouvre les perspectives quant à l'étude de la bioamplification.

/ La présente instruction décrit la préparation et le déroulement d'une campagne de pêche scientifique accompagnée des opérations de prélèvements in situ d'échantillons biologiques sur des poissons de l'espèce chevaine (Leuciscus cephalus). Cette procédure a été établie pour la réalisation des campagnes de terrain d'un programme de recherche interdisciplinaire chargé d'évaluer l'impact des perturbateurs endocriniens sur les milieux aquatiques (SURVAQUA-PNRPE). Elle peut néanmoins être appliquée à d'autres études du même type qui prendraient en compte tout ou partie partie des biomarqueurs présentés. A noter que le programme SURVAQUA comprenait un volet « chimie » dont les procédures d'échantillonnage (eau, sédiment) ne sont pas décrites dans ce protocole.

/ L'étude du peuplement de poisson de la partie fluviale soumise à marée de l'estuaire a été longtemps délaissée par les biologistes fluviaux qui voyaient une contrainte à travailler dans un milieu hautement instable avec un fort marnage et par les biologiste marin qui évitaient de se frotter à des espèces d'eau douce beaucoup moins connues de ces derniers. Il est donc nécessaire d'acquérir les connaissances de base sur le peuplement de poisson par des inventaires dans la masse d'eau soumise à des hypoxies ponctuelles mais également à titre de comparaison sur une masse d'eau similaire, la Dordogne, pour laquelle ces évènements hypoxiques sont absents ou presque.