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L'utilisation de substrats chromogènes appropriés permet l'étude qualitative de l'équipement enzymatique des microorganismes. Nous avons appliqué cette méthode à la détermination quantitative des phosphatases alcalines du testicule de Lebistes reticulatus (poids moyen de l'organe: 2,5 mg). Cette microméthode de dosage enzymatique pourrait être généralisée à toute enzyme développant une coloration spontanée en présence d'un substrat approprié.

Les cellules interstitielles de quelques poissons téléostéens

Le problème de l'économie de l'eau en pisciculture

Induction de l'ovulation et stimulation de la spermiation par le LH-RH ou un analogue de LH-RH associé ou non au pimozide chez quelques espèces de poissons téléostéens. Bases biologiques de l'aquaculture

International audience; Du début du Xe siècle au milieu du XIe siècle environ, la Sicile constitua un des territoires composant le monde fatimide au même titre que la Syrie ou l’Ifrīqiya. Si chacune de ces provinces avaient une utilité pour la dynastie, la Sicile occupa longtemps une place de choix pour ces hommes pourtant largement tournés vers l’Orient mais soucieux de trouver une légitimité dans un monde musulman largement sunnite. Dès la période maghrébine (909-973), les califes développèrent une marine de guerre capable de rivaliser avec la flotte byzantine considérée alors comme la plus puissante marine de la Méditerranée. Les califes comprirent peu à peu l’intérêt de la Sicile qui, bien que située à l’opposé géographique de ce qui semblait être au centre des préoccupations des souverains fatimides, devint un des territoires clés de la dynastie califale jusqu’à l’éclatement de l’unité de l’île dans les années 1040-1050, puis à sa conquête par les troupes normandes. Ainsi, la documentation met en évidence les diverses fonctions qu’occupa la Sicile entre 909 et les années 1050-1090 qui virent l’ordre normand s’imposer. Les textes permettent de voir la politique fatimide à l’œuvre dans le cadre insulaire. Au-delà de son rôle économique, les sources mettent en évidence, d’une part, l’importance stratégique de la Sicile dès lors que les imams choisirent de développer le jihād à l’aide de la marine ainsi que, d’autre part, son rôle idéologique pour une dynastie qui développa une activité de propagande au service de la cause ismaélienne en recherche de légitimité.

The problem of the clogging up of sea water pipes by Mytilus edulis larvae is a very real problem. A study has been made of the ways to destroy these larvae, (1) by electricity (publication in preparation), (2) by ultrasound. This last technique has given interesting data, but exploitation of results on a large scale presents many difficulties. An interesting general phenomenon is to be underlined. For ultrasound treatments of short duration (10s), many larvae are simply stressed and recover later on. For longer treatments, there is actual dislocation of the larvae and instant mortality, this mortality increases with time.

L'huître plate européenne, espèce endémique des côtes européennes, est classée depuis 2003 dans la catégorie des «espèces menacées et/ou en déclin». En effet, les gisements naturels de cette huître, consommée depuis l'antiquité, ont été progressivement décimés par la sur-exploitation et par l'émergence successive de maladies parasitaires. Le parasite responsable de la maladie nommée bonamiose a notamment contribué à réduire de façon drastique la part de l'exploitation de cette huître dans l'activité aquacole française, et européenne. Les mollusques bivalves marins présentent deux caractéristiques qui restreignent de fait le potentiel d'action pour lutter contre les maladies: ils sont cultivés en milieu ouvert, et possèdent un système immunitaire inné dépourvu de la capacité de réponse adaptative. Dans ce contexte, la sélection d'animaux naturellement résistants pour la bonamiose est une voie prometteuse pour la relance de la culture de l'huître plate européenne. Afin de mieux comprendre le phénomène de résistance à la bonamiose, plusieurs études se sont focalisées sur la compréhension des mécanismes de réponse de l'huître plate, et sur l'identification de régions génomiques potentiellement impliquées dans les mécanismes de résistance à la maladie. Le présent travail de thèse se positionne dans ce contexte et consistait à améliorer la compréhension de la résistauce de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, mais également à mieux caractériser la ressource génétique et la structuration de ses populations naturelles. L'huître plate n'étant pas un organisme modèle, seule une carte génétique préliminaire était disponible chez cette espèce. Il a donc été nécessaire de développer de nouveaux outils moléculaires afin d'optimiser la couverture de son génome. Des marqueurs de type SNP (polymorphisme d'une seule base) ont ainsi été développés par séquençage de produits PCR et par séquençage à haut débit. Afin d'améliorer la compréhension de la résistance à la bonamiose, trois expériences d'infection avec le parasite responsable de cette maladie ont été réalisées et ont permis de caractériser les phénotypes de réponse de l'huître plate à plusieurs échelles d'études. 1- A l'échelle inter-familiale, il s'agissait de détecter des régions du génome (QTL) associées aux mécanismes de réponse (survie/mortalité) à la bonamiose chez plusieurs familles d'huîtres. Cette approche a notamment permis d'identifier plusieurs régions génomiques d'intérêt communes entre les familles, et de nouvelles régions d'intérêt qui n'avaient pas encore été détectées. 2- A l'échelle intra-familiale, il s'agissait de détecter des régions génomiques associées à la régulation d'activités hémocytaires (QTL) ou à l'expression de gènes (eQTL) préalablement identifiés comme potentiellement impliqués dans la réponse à la bonamiose. Cette approche n'avait encore jamais été utilisée chez un mollusque bivalve. Elle a notamment permis de mettre en évidence une concordance positionnelle entre les régions génomiques impliquées dans la survie ou la mortalité à la bonamiose et celles impliquées clans la régulation des réponses cellulaires et/ou moléculaires. 3- A l'échelle inter-populationnelle, il s'agissait d'étudier un éventuel différentiel de réponse à la bonamiose chez des huîtres provenant de trois populations naturelles géographiquement et écologiquement distinctes. Cette étude a notamment permis d'identifier une possible adaptation à la parasitose des huîtres provenant de la baie de Quiberon. Afin de mieux caractériser les ressources naturelles de l'huître plate européenne, plusieurs populations couvrant l'ensemble de l'aire de distribution de l'espèce ont également été étudiées. Cette étude a permis de confirmer la forte diversité nucléotidique de l'huître plate, en évaluant pour la première fois la diversité génétique globale des populations naturelles d'un mollusque bivalve marin. Cette étude a également permis d'identifier une structuration génétique des populations, avec coïncidence entre les discontinuités dans la distribution des fréquences alléliques des marqueurs moléculaires sous sélection positive ou divergente et les barrières biogéographiques. The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to bonamiosis is a very promising issue to revive the culture of the European flat oyster. To better understand the phenomenon of resistance against bonamiosis, several studies have focused on understanding the mechanisms of response of the flat oyster, and on the identification of genomic regions potentially involved in the mechanisms of disease resistance. In this context, the present work consisted in improving our understanding of the resistance of the European flat oyster against bonamiosis, and in better characterizing the genetic resources and the structuring of its natural populations. Considering that the flat oyster is not a model organism, a preliminary genetic map was available for this species. It was therefore necessary to develop new molecular tools to optimize the coverage of its genome. SNP markers (single nucleotide polymorphism) have been developed by direct sequencing of PCR products and high-throughput sequencing. To improve the understanding of resistance against bonamiosis, three experiments of infection with the parasite have been performed and used to characterize phenotypes of t he oyster response at several study levels. 1- At the inter-family level, the objective was to detect genomic regions (QTL) associated with the mechanisms of response (survival/mortality) against bonamiosis in several families of oysters. This approach enabled to identify several genomic regions of interest shared between families, and new ones that had not yet been detected. 2- At the intra-family level, the objective was to detect genomic regions associated with the regulation of haemocytic activities (QTLs) or genes expression (eQTL) previously identified as potentially involved in the response to bonamiosis. This approach had never been used before on a bivalve molluse. It has enabled to identify a positional correlation between the genomic regions involved in the survival or mortality to bonamiosis and those involved in the regulation of cellular or molecular responses. 3- At the inter-populational level, the experiment aimed at detecting possible differential responses against bonamiosis between oysters from three natural populations geographically and ecologically distinct. This study has enabled to identify a possible adaptation of oysters from the bay of Quiberon to the parasitosis. In order to improve the characterization of the natural resources of the European fiat oyster, sever al populations covering the entire geographic range of the species were also studied. This study confirmed the high nucleotide diversity of the flat oyster, assessing for the first time the overall genet ic diversity of natural populations of a marine bivalve mollusc. This study also enabled to identify the genetic structure of populations, with coincidences between geographical discontinuities in allele frequencies of molecular markers under positive or divergent selection and biogeographical barriers.

Le développement rapide de l'aquaculture dans le monde rend indispensable la maîtrise de ses rejets. Par rapport aux systèmes traditionnels, les systèmes recyclés permettent de réduire les besoins en eau et le volume des rejets. Toutefois, certains nutriments dissous (nitrates, phosphates) s'y concentrent. Le lagunage à haut rendement algal (LHRA) est une des voies possibles pour éliminer ces nutriments. Au cours de ce travail, trois circuits d'élevage: un recyclé, un recyclé avec LHRA et un ouvert témoin ont été étudiés pendant un an pour évaluer l'effet (1) de la réutilisation de l'effluent épuré sur la survie, la croissance et l'alimentation de bars (2) du système d'élevage sur la santé des poissons à travers l'étude de biomarqueurs et de métaux traces bio-accumulés et (3) les conditions optimales de l'épuration algale. Si on n'observe pas d'effet marqué lié au LHRA sur les paramètres zootechniques, une légère réduction de la croissance et de l'alimentation des poissons en circuit recyclé par rapport au témoin est cependant enregistrée. On mesure une faible induction de l'activité EROD et de la SOD dans le circuit recyclé ainsi qu'une bioaccumulation de nombreux métaux dont les teneurs restent cependant très inférieures à celles recommandées pour la consommation humaine. Le traitement par LHRA supprime l'induction de la SOD et la bioaccumulation de la plupart des métaux dans les poissons du circuit recyclé. La croissance des algues et l'épuration des nutriments associée sont saisonnières et améliorées par de faibles densités algales et de forts renouvellements d'eau dans les bassins. L'étude des capacités photosynthétiques des ulves met en évidence une limitation de la croissance algale par le carbone inorganique dissous dans le LHRA. L'intégration du LHRA semble une voie d'amélioration des performances et de la qualité des poissons issus de systèmes recyclés. Par ailleurs, ce travail propose de nouveaux outils d'investigation de la santé des poissons d'élevage. World aquaculture is a fast growing activity and the control of its waste becomes a key issue. Compared to traditional systems, recirculating systems allow to reduce replacement water and waste volumes. Nevertheless their effluents are more concentrated in dissolved nutrients (nitrate, phosphate). The high rate algae pond (HRAP) is one of the possible treatment technique to remove those nutrients. During this work, three rearing systems: one recycled, one recycled with HRAP and one open as a standard, were operated for one year to assess the impact of: (1) the reuse of treated effluent on survival, growth and nutrition of sea bass (2) the rearing system on fish health using multibiomarkers and trace metals accumulation responses and (3) best conditions for HRAP treatment. HRAP had no major effect on fish global parameters but growth and nutrition were slightly reduced in recirculating circuits compared to the standard. EROD and SOD activities were slightly induced and several metals accumulated in the fishes of the recirculating system, however their concentration remained far lower than the recommended values for human food. SOD induction and main metal accumulation were suppressed in fish from recirculating circuits where water was treated by HRAP. Algae growth and associated nutrients removal are seasonal and are increased by a low algae density and a high renewal rates in HRAP. The measurement of algae photosynthesis showed an inorganic carbon restriction for algae growth in HRAP. HRAP seems to be an interesting solution to improve fish performances and flesh quality in recirculating systems. In other respects, this work suggests new tools to assess rearing fish health.

At present, there are no more than 30 salmon rivers in France located mainly in Brittany, lower Normandy, Loire-Allier basin and Adour-Gave Basin. The depletion of salmon populations has been general and more pronounced for the last years (less thant 5.000 fish captured per year since 1973). The main causes of this depletion are : dams without fish ways, new causes of variation of flow, pollutions, overfishing either in rivers or in the sea (Greenlandsea). In France, Atlantic salmon have a short fresh water life span (mainly 1 or 2 years old smolts). They grow very fast (16 to 18 cm at 1 year and 20-22 cm at two years) and they migrate to the sea mainly in April. The majority of the exploited population spends 2 years or more in the sea, and runs in winter or spring. The stock of grilses turning mainly in summer out of the angling season is underestimated. Precise observations have been gathered on two types of actions : improvement of the environment and restocking.

The fight against IUU fishing and State responsibility The fight against IUU fishing (for Illegal, Unreported and Unregulated fishing) is a key topic in fisheries management. This expression is generally understood as corresponding to very serious infringements endangering fisheries resources and is now used in legal instruments. However, the juxtaposition of the three terms illegal, unreported and unregulated is somehow strange. The purpose of this paper is firstly to show how this expression was forged in a Regional Fisheries Management Organisation (the CCAMLR), without any legal meaning at its beginning. In a second chapter, it is described how it has evolved with such a meaning, including a definition set out in an FAO Action Plan and considered as generally accepted; this definition has however a narrower scope, compared to its original use. Finally, the third chapter gives examples of actions against IUU fishing by States (The European Union on behalf of its Member States and the United-States of America). Résumé : La lutte contre la pêche INN (pour pêche illicite, non déclarée et non réglementée) est un sujet clé dans la gestion des pêches. Cette expression est généralement comprise comme correspondant à des infractions très graves mettant en danger les ressources halieutiques et est maintenant utilisée dans les instruments juridiques. Cependant, la juxtaposition des trois termes illégale, non déclarée, non réglementée est quelque peu étrange. Le but de cette contribution est d'abord de montrer comment cette expression a été forgée dans une organisation régionale de gestion des pêches (la CCAMLR), sans aucune signification juridique à l'origine. Dans un deuxième temps, il est décrit comment cette notion a évolué, y compris avec une définition figurant dans un plan d'action de la FAO et considérée comme généralement acceptée ; cette définition a cependant une portée plus restreinte par rapport à l'utilisation initiale. Enfin, le troisième chapitre donne des exemples d'actions contre la pêche INN par les États, (l'Union européenne, au nom de ses États membres et les USA). The fight against IUU fishing (for Illegal, Unreported and Unregulated fishing) is akey topic in fisheries management. This expression is generally understood ascorresponding to very serious infringements endangering fisheries resources and isnow used in legal instruments. However, the juxtaposition of the three terms illegal,unreported and unregulated is somehow strange.The purpose of this paper is firstly to show how this expression was forged in aRegional Fisheries Management Organisation (the CCAMLR), without any legalmeaning at its beginning. In a second chapter, it is described how it has evolved withsuch a meaning, including a definition set out in an FAO Action Plan and consideredas generally accepted; this definition has however a narrower scope, compared toits original use. Finally, the third chapter gives examples of actions against IUUfishing by States (The European Union on behalf of its Member States and theUnited-States of America).