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Oceanic very short-lived substances (VSLSs), such as bromoform (CHBr3), contribute to stratospheric halogen loading and, thus, to ozone depletion. However, the amount, timing, and region of bromine delivery to the stratosphere through one of the main entrance gates, the Indian summer monsoon circulation, are still uncertain. In this study, we created two bromoform emission inventories with monthly resolution for the tropical Indian Ocean and west Pacific based on new in situ bromoform measurements and novel ocean biogeochemistry modeling. The mass transport and atmospheric mixing ratios of bromoform were modeled for the year 2014 with the particle dispersion model FLEXPART driven by ERA-Interim reanalysis. We compare results between two emission scenarios: (1) monthly averaged and (2) annually averaged emissions. Both simulations reproduce the atmospheric distribution of bromoform from ship- and aircraft-based observations in the boundary layer and upper troposphere above the Indian Ocean reasonably well. Using monthly resolved emissions, the main oceanic source regions for the stratosphere include the Arabian Sea and Bay of Bengal in boreal summer and the tropical west Pacific Ocean in boreal winter. The main stratospheric injection in boreal summer occurs over the southern tip of India associated with the high local oceanic sources and strong convection of the summer monsoon. In boreal winter more bromoform is entrained over the west Pacific than over the Indian Ocean. The annually averaged stratospheric injection of bromoform is in the same range whether using monthly averaged or annually averaged emissions in our Lagrangian calculations. However, monthly averaged emissions result in the highest mixing ratios within the Asian monsoon anticyclone in boreal summer and above the central Indian Ocean in boreal winter, while annually averaged emissions display a maximum above the west Indian Ocean in boreal spring. In the Asian summer monsoon anticyclone bromoform atmospheric mixing ratios vary by up to 50 % between using monthly averaged and annually averaged oceanic emissions. Our results underline that the seasonal and regional stratospheric bromine injection from the tropical Indian Ocean and west Pacific critically depend on the seasonality and spatial distribution of the VSLS emissions.

The NMR-based configurational analysis of complex marine natural products is still not a routine task. Different NMR parameters are used for the assignment of the relative configuration: NOE/ROE, homo- and heteronuclear J couplings as well as anisotropic parameters. The combined distance geometry (DG) and distance bounds driven dynamics (DDD) method allows a model-free approach for the determination of the relative configuration that is invariant to the choice of an initial starting structure and does not rely on comparisons with (DFT) calculated structures. Here, we will discuss the configurational analysis of five complex marine natural products or synthetic derivatives thereof: the cis-palau’amine derivatives 1a and 1b, tetrabromostyloguanidine (1c), plakilactone H (2), and manzamine A (3). The certainty of configurational assignments is evaluated in view of the accuracy of the NOE/ROE data available. These case studies will show the prospective breadth of application of the DG/DDD method.

Ce rapport présente un bilan des résultats obtenus à partir des données récoltées au cours des projets Circareef et Circatax sur les habitats circalittoraux d’intérêt de la zone N2000 « côte basque rocheuse et extension au large ». Ces résultats montrent un intérêt écologique et biogéographique remarquable des sites prospectés avec des habitats abritant une biodiversité originale non connue. L’analyse des prélèvements réalisés et l’identification des taxons présents confortent ces observations. En parallèle, les résultats d’un indice basé sur une approche écosystémique Ecosystem-Based Quality Index (EBQI) sont présentés. à partir de ce bilan, des orientations sont déterminées pour approfondir la connaissance de ces habitats remarquables dans le contexte des directives européennes de conservation. This report presents the results obtained from the data collected during the Circareef and Circatax projects on the circalittoral habitats of interest in the N2000 zone "rocky Basque coast and offshore extension". These results show a remarkable ecological and biogeographical interest of the prospected sites with habitats sheltering an unknown original biodiversity. The analysis of the samples taken and the identification of the taxa collected confirm these observations. In parallel, calculations of an index based on an Ecosystem-Based Quality Index (EBQI) ecosystem approach are presented. From this report, orientations are determined to improve the knowledge of these remarkable habitats in the context of European directives of conservation.

Endozoicomonas bacteria are generally beneficial symbionts of diverse marine invertebrates including reef-building corals, sponges, sea squirts, sea slugs, molluscs, and Bryozoans. In contrast, the recently reported Ca. Endozoicomonas cretensis was identified as a vertebrate pathogen, causing epitheliocystis in fish larvae resulting in massive mortality. Here, we described the Ca. E. cretensis draft genome, currently undergoing genome decay as evidenced by massive insertion sequence (IS element) expansion and pseudogene formation. Many of the insertion sequences are also predicted to carry outward-directed promoters, implying that they may be able to modulate the expression of neighbouring coding sequences (CDSs). Comparative genomic analysis has revealed many Ca. E. cretensis-specific CDSs, phage integration and novel gene families. Potential virulence related CDSs and machineries were identified in the genome, including secretion systems and related effector proteins, and systems related to biofilm formation and directed cell movement. Mucin degradation would be of importance to a fish pathogen, and many candidate CDSs associated with this pathway have been identified. The genome may reflect a bacterium in the process of changing niche from symbiont to pathogen, through expansion of virulence genes and some loss of metabolic capacity. Genome Biology and Evolution, 10 (6) ISSN:1759-6653

This report identifies transferable skills and competences relevant for early career researchers to gather during their doctoral training program and beyond, in order to increase their employability in multiple work sectors. A skills matrix and infographic (see Appendix) with nine different categories, containing a total of 66 transferable skills and competences, is presented. Advice on how to acquire and document these skills and competences is provided. Source at https://doi.org/10.5281/zenodo.1299178 More information at http://eurodoc.net/news/2018/press-release-eurodoc-report-on-transferable-skills-and-competences

Les Journées du Réseau d'Observation et de Surveillance du Phytoplancton et des Phycotoxines (REPHY-REPHYTOX) mis en oeuvre par l’Ifremer sont un moment privilégié pour échanger et améliorer nos connaissances sur les domaines qui ont trait à l’observation du phytoplancton, au contexte hydrologique et à la thématique des phycotoxines. Ouvertes à toute personne intéressée par ces thématiques, les 2 journées ont rassemblé près de 145 participants, des scientifiques, biologistes, chimistes, économistes, des gestionnaires, des opérateurs de terrain, des professionnels, issus de structures variées, notamment de centres techniques, bureaux d’études, représentants des professionnels de la conchyliculture et de la pêche, Directions Départementales Interministérielles, Collectivités locales, Laboratoire Départementaux, entreprises innovantes, Université de Nantes (ISOMer), représentants de la DGAL, de l’ANSES, et les services et laboratoires Ifremer tels que le service Valorisation de l'Information pour la Gestion Intégrée Et la Surveillance (VIGIES), l’unité Physiologie et toxines des microalgues toxiques et nuisibles (Phytox), les laboratoires Ecologie pélagique (DYNECO-PELAGOS), Détection, Capteurs et Mesures (DCM), et les Laboratoires Environnement Ressources (LER) de l’Unité Littoral. Une vingtaine d’exposés ont été présentés, sur des sujets très variés. La première journée était consacrée au REPHY, avec l’observation et la surveillance du phytoplancton et de l’hydrologie dans les eaux littorales, et la seconde aux réseaux REPHY et REPHYTOX, avec la surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (notamment les coquillages destinés à la consommation humaine) et des microalgues toxiques ou nuisibles. Ces journées 2022 ont à nouveau démontré la forte interactivité et le dynamisme du réseau existant autour du suivi du phytoplancton. Le présent rapport est la compilation des diaporamas présentés durant ces journées (Partie 2), et des résumés associés (Partie 1). Seule une présentation n’y apparait pas, car certains travaux qui y sont présentés, toujours en cours, vont faire l’objet d’une publication.

Dans le cadre d’OBSLAG (Observatoire des Lagunes), les résultats des diagnostics de l’état des compartiments physico-chimique et phytoplanctonique au regard de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE) sont complétés d’évaluations de tendance des indicateurs sur les 10 masses d’eau lagunaires de l’observatoire. Ces éléments rendent compte de manière visuelle et synthétique : i) des évolutions, au sein d’une période de diagnostic (6 étés), de l’état des lagunes vis-à-vis de l’eutrophisation, et ii) de l’incertitude des diagnostics tel qu’exigé par la DCE. A l’issue des trois premières périodes de diagnostic OBSLAG-eutrophisation menées depuis 2016 sur les lagunes méditerranéennes d’Occitanie, PACA et Corse, l’objectif de cette note technique est d’évaluer la robustesse des indicateurs en termes de : 1) sensibilité de l’indicateur de tendance ; 2) potentiel communicatif des indicateurs de confiance. A partir des diagnostics de l’état physico-chimique de l’eau et de l’état du phytoplancton recueillies de 2009 à 2021 (8 périodes de diagnostic de 6 années), une analyse de la concordance des tests de tendance vis-à-vis des observations des périodes suivantes est effectuée. Les résultats montrent que les tests ont une relativement bonne spécificité pour les deux éléments de qualité et une sensibilité relativement bonne pour l’eau, mais faible pour le phytoplancton. A l’issue de cette synthèse, des perspectives sont identifiées pour : i) davantage valoriser les indicateurs de confiance dans les rapports OBSLAG, afin d’apporter plus de finesse aux diagnostics et d’alerter les gestionnaires sur des phénomènes de dégradation ; ii) produire régulièrement des traitements des données à échelle temporelle longue ; iii) enrichir les observations (échantillonnage estival bi-mensuel voire saisonnier, ajout d’une métrique de composition du phytoplancton ; iv) davantage confronter les résultats des indicateurs aux pressions subies par les lagunes (pollution anthropique et fluctuations hydro-météorologiques).